qiime1安装教程 for mac

1.安装与激活miniconda

1.1  去Miniconda的官网，选择自己想要的 Python 版本，下载对应的Miniconda3 macOS 64-bit bash

1.2  在刚下载的文件所在目录下打开终端输入bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh，然后一路回车，最后会出现[yes/no]选择项，输入yes回车即可

1.3  安装成功后查看目前所用的shell类型echo $SHELL

      (1) 如果是bash，则vim ~/.bashrc ，输入export PATH=/Users/xxx/miniconda3/bin:$PATH

      (2) 如果是zsh，则vim ~/.zshrc，输入export PATH=/Users/xxx/miniconda3/bin:$PATH

      以此类推

      ps：xxx为电脑用户名

1.4  激活conda

       (1) bash则source ~/.bashrc

       (2) zsh则source ~/.zshrc

       以此类推

2.在conda配置文件中添加清华镜像源

vim ~/.condarc

输入：

channels:

- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

- bioconda

- defaults

- r

- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

- conda-forge

show_channel_urls: true

3.指定python版本安装qiime1

conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda

4.激活qiime1环境

source activate qiime1

可开始使用qiime1