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多年来,开源代码开发的好处对软件开发社区而言是不言而喻的:透明导致协作,而协作导致更好和更安全的代码。 科学界才刚刚开始了解这些好处。
越来越多的开放科学运动正在利用这些相同的教训来使科学过程更加透明,从而使研究结果具有更高的可重复性。 为了实现开放科学的好处,我们必须使用各种研究工具来实现透明性,这将导致发现性,重用性和协作性的提高。
为此, 开放科学中心 (COS)资助了GitLab与开放科学框架 (OSF)之间的集成开发,并正在寻找感兴趣的开源社区成员对此做出贡献。
严酷的现实
与开源软件一样,科学合作可以带来知识的进步。 但是,这是一个严酷的现实:科学家们面临巨大的压力,要求发表积极而创新的结果。
由于发布的压力,未导致重大发现的研究通常会“丢失”在文件抽屉中。 这使研究文献带有偏见,使它看起来比实际更美丽。 对科学家的激励往往只集中在出版物上。
但正如David Donoho所指出的那样, 该出版物只是为该研究做广告 ,而不是该研究本身。 这项研究(包括方法,收集的数据,分析代码以及生成该内容的工作流程)被关闭,忽略,遗忘或丢失。 这可能是导致已发表科学研究的低重复性的重要原因 。
但是,这种情况正在改变。 资助者,社团和其他组织正在认识到整个研究生命周期中开放的价值。 此外,许多商业和非营利组织正在构建新的工具和服务,以使共享研究内容和工作流程变得容易且合乎需要。
新的基础设施
COS是位于弗吉尼亚州夏洛茨维尔的一家非营利性科技公司,它正在建立免费的开源基础设施作为公共物品,以支持开放科学运动。 COS的使命是提高研究的开放性,完整性和可重复性,它支持采用开放式科学实践,开展超科学研究,开发和维护免费的开源软件(主要是开放式科学框架( OSF ),一种Web应用程序)的社区。支持项目管理,数据和材料归档以及维护整个研究生命周期的版本历史记录。 同时,OSF集成了公共和私有工作流,使研究人员可以很容易地通过与他人共享数据和项目资料来“开放”。
OSF功能包括协作Wiki,自动文档版本控制,细粒度的隐私控制以及分叉项目的功能。 OSF通过抽象API连接到他们已经在使用的工具,从而满足了研究人员的“现状”。 OSF作为一个应用程序框架 ,将研究人员使用的服务集中在一个地方,因此他们可以专注于自己的科学并同时提高工作流程的效率。 目前,OSF将存储提供商Dropbox,Amazon S3,Google Drive,GitHub,Dataverse以及引用管理工具Zotero和Mendeley连接起来。
在研究生命周期中还存在数百种其他工具和服务,研究人员可以使用这些工具和服务来管理项目,收集和分析数据,跟踪手稿以及查看和提交文章。 COS支持许多开源贡献者团队通过抽象的API连接其他服务,例如: Vivo (搜索和发现工具), DMPTool (数据管理计划工具), Evernote , Galaxy , PsychoPy和Open Sesame —获取资料和收集数据。 , JASP (分析工具), OneDrive和ownCloud (存储服务), Zenodo , Dryad和ShareLaTeX (存储库和创作工具)以及Open Journal System(OJS)和Ubiquity Press (发布平台)。
向前进
扩展与其他工具的连接有助于科学家提高其研究的有效性,效率和可重复性。 OSF用户反复要求与GitLab集成,我们正在寻求开发人员来创建此连接。
我们还鼓励开源社区的成员探索OSF及其回购协议,以寻求更多的集成和发展可能性,以服务于开放科学运动。 如果您或您认识的某个人对开源开发充满热情或与我们分享改善科学的使命,那么我们正在积极寻求人们使用这些资金或加入我们的开发人员团队 。
COS还提供选择性的带薪实习计划,在该计划中,软件开发人员将作为致力于在科学界有所作为的团队的一部分,获得使用免费,开源软件的宝贵职业经验。 许多实习生致力于OSF的面向用户的问题,包括与第三方服务的集成。 COS致力于通过增加免费的工具和服务为科学家,扩大其使命,以提高研究的开放性,完整性和可重复性。 开源软件社区的广泛参与将扩大并改善现有工作。
翻译自: https://opensource.com/life/16/3/contribute-open-science-internship
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