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原创 生信分析入门笔记:关于过表达与敲降的总结

通过过表达(Overexpression) 和敲降 / 敲除(Knockdown/Knockout) 研究可药性靶标,是功能基因组学与药物研发的核心衔接技术。其核心逻辑是:通过人为调控靶标分子的活性 / 表达量,观察其对疾病相关表型(如细胞增殖、凋亡、代谢异常等)的影响,从而验证靶标的必要性(是否必须存在才能维持疾病状态)、可调控性(改变靶标能否逆转疾病表型)及作用机制,最终判断该靶标是否具备 “可药性”(即药物干预后能产生治疗效果)。

2025-10-05 16:04:37 1229

原创 生信分析入门笔记:关于测序技术的总结

DNA测序技术发展经历了三代演进:一代测序(Sanger法)以高准确性和500-1000bp读长成为金标准;二代测序(NGS)通过高通量边合成边测序实现低成本、大规模测序,但读长仅50-300bp;三代测序(TGS)突破性地实现单分子长读长(10kb-2Mb)检测,解决PCR偏向性问题。此外,直接RNA测序可保留RNA修饰信息,短/长读长二代测序则各具特色。不同技术各有优劣,选择需权衡研究目标、读长需求、准确性和成本等因素,形成互补的测序技术体系。

2025-10-05 15:52:35 894

原创 生信分析入门笔记:RNA-seq实验基本流程

安装Ubantu子系统;使用Miniconda3创建分析环境;安装上游分析软件包(FastQc、Trimmomatic、Hisat2等)。安装R和RStudio;使用Bioconductor安装下游分析软件包(DESeq2、ClusterProfiler等)。

2025-10-05 15:46:53 886 1

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