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RSS订阅原创 文献积累（8）线粒体OCR（Seahorse XF Mito Stress Test）
参数计算生物学意义基础线粒体功能ATP生成能力膜损伤/ROS最大能力应激储备能力Rot/AA非线粒体耗氧。
2026-02-24 16:18:12
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原创 单细胞数据分析学习之Seurat新手瞎折腾（一）
但我呢，就是轴，我特别想知道为啥用这个函数不用别的。Read10X_HD_GeoJson Visium HD 几何结构 高分辨率空间。Visium 空间转录组 → Read10X + Coordinates + Image。以下函数主要用于 10X Visium 空间转录组，不能单独用于 scRNA-seq。函数，和help（函数）两个功能的认识，可以开始正式学习了。太好了，除了第二、第四个函数介绍的10X数据格式，其他好像都没见过。官网上有很多代码，有R基础的可以拿来，改一下直接用。
2026-02-03 10:44:53
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原创 文献积累（7）eCLIP-Seq
eCLIP‑seq凭借高分辨率、低背景与强稳定性，已成为RNA‑蛋白互作研究的核心技术，尤其适用于HCC等癌症中RBP调控网络的系统解析。实验需注重抗体质量、对照设计与测序深度，数据分析需结合UMI去重、IDR验证与多组学整合，以确保结果可靠并挖掘生物学意义。以上内容来自豆包，请注意辨别。
2026-01-29 13:42:12
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原创 文献积累（6）CRISPR-RfxCas13d简单介绍
是归属于型的 RNA 靶向基因编辑工具，核心功能是特异性识别并切割单链RNA（ssRNA），不造成双链DNA断裂，安全性高，在转录组调控、病毒检测、基因治疗及癌症相关研究（如肝细胞癌致癌RNA降解）中应用广泛。其功能实现高度依赖与蛋白的协同作用。
2026-01-22 10:56:29
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原创 文献积累（4）肿瘤微环境
是指肿瘤细胞赖以生存、增殖和转移的局部内环境，由和周围的共同构成，是一个动态、异质性的复杂系统。它不仅为肿瘤提供营养和生存空间，更通过细胞间、细胞-基质间的信号交互，调控肿瘤的发生、侵袭、转移以及对治疗的耐药性，是肿瘤研究和靶向治疗的核心靶点之一。
2026-01-21 15:49:12
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原创 文献积累（3）eHCC aHCC veHCC vaHCC
这种新的分类方法（尤其是引入veHCC 和 vaHCC精准预后判断：将“血管侵犯”这一关键预后因素整合进形态学分类，能更精细地区分高危患者。vaHCC > veHCC > aHCC（无血管侵犯） > eHCC（无血管侵犯）的预后风险排序更为清晰。指导治疗决策对于已手术的veHCC或vaHCC患者，提示需要更密切的随访和考虑更强的辅助治疗（如TACE、靶向/免疫治疗）。在术前通过影像学和活检（如果可行）进行初步分型，有助于评估手术获益和制定综合治疗方案。反映肿瘤演变。
2026-01-21 14:51:07
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原创 文献阅读积累（2）生存曲线
摘要：存活可能性曲线（如Kaplan-Meier曲线）是生物医学研究中用于分析生存数据的核心工具。该曲线以时间为横轴、存活概率为纵轴，通过阶梯状下降反映事件（如死亡、复发）发生情况，并用删失点标记失访数据。主要分析指标包括中位生存期、Log-rank检验P值和风险比（HR）。常见的曲线类型有OS（总生存期）、PFS（无进展生存期）等。需注意曲线视觉分离不等于统计显著性，且需明确事件定义、随访时间和完整报告统计指标。该方法是评估治疗效果和预后因素的重要分析手段。
2026-01-14 15:38:05
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原创 文献阅读积累（1）ROC曲线
ROC曲线是评估二分类模型性能的重要工具，通过真阳性率（TPR）和假阳性率（FPR）反映模型区分能力。关键指标AUC（曲线下面积）衡量模型优劣：0.5表示随机猜测，>0.9为优秀。理想曲线靠近左上角（TPR=1，FPR=0）。ROC适用于均衡样本，与PR曲线、校准曲线等形成互补。阈值选择可通过Youden指数或临床需求（侧重敏感性/特异性）。需注意：AUC高≠临床实用，样本不平衡时需谨慎。ROC核心价值在于评估"区分能力"，而AUC量化"区分程度"。
2026-01-14 15:22:33
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空空如也
windows虚拟ubantu22.04.5单细胞上游分析STARsolo出现奇怪bug
2025-11-19
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