DNA片段装配算法

最新推荐文章于 2022-06-12 10:54:04 发布
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分类专栏： 算法与计算 文章标签： 算法
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一、步骤

交叠-查找潜在的交叠片段

排列-查明片段的顺序

共有-从排列中导出DNA片段

二、具体：

交叠问题：查找一个序列的后缀和另一个序列的最好的匹配。但由于测序误差问题，在序列联配中使用修改的动态规划算法。由于误差较小，可采取过滤方法,过滤掉成对的不共享一个显著的公共子串的片段。

排列问题：确定2个片段是否是真的交叠的，还是来自一个重复体的2个不同的拷贝。

片段装配问题：校正序列读出片段的误差

deepfuture
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基于深度强化学习的动态装配算法
罗伯特技术屋
02-22 483
机器人控制技术的发展使机器人可以完成多种精密装配任务[在这些装配任务中，作业平台和机器人底座之间的相对位置固定，机器人在柔顺装配方法的基础上，根据接触力的不同取值，做出不同动作。但当作业平台位于柔索之上时，机器人与作业平台之间会形成紧密的动力学刚柔耦合关系。柔索的位置会因受到机器人的挤压而产生复杂的动态变化，位置的动态变化又会反过来造成接触力具有瞬时变化的动态噪声，进而大大影响装配动作的柔顺性。我们将这类装配平台不固定，且位置受机器人运动影响的装配任务定义为动态装配任务，柔索装配环境是其中的典型应用场景。
KMP.zip_DNA_KMP算法
09-20
《KMP算法与DNA序列分析》 在信息技术领域，数据结构和算法是核心基石，其中KMP算法（Knuth-Morris-Pratt Algorithm）是一种在字符串匹配中广泛应用的高效算法。KMP算法由唐·霍夫曼、维纳·莫里斯和弗兰克·普拉特...
IPSec ***的原理与配置
weixin_33827731的博客
05-30 631
博主QQ：819594300博客地址：http://zpf666.blog.51cto.com/有什么疑问的朋友可以联系博主，博主会帮你们解答，谢谢支持！一、***概述***技术最早是为了解决明文数据在网络上传输带来的安全隐患而产生的。TCP/IP协议族中很多协议都是采用明文传输的，比如telnet、ftp、tftp等。***技术可以对公网上传输的数据进行加密，也可以实现数据传输双方的身份验证。1...
山石网科防火墙绑定AD域实现远程办公
CHINAMSSP的博客
05-20 1845
山石网科防火墙绑定AD域实现远程办公 实验环境 搭建AD服务器 第一步 第二步 第三步 加入AD域 第一步 第二步 山石网科防火墙与AD服务器关联 测试成功
DNA序列组装（贪婪算法）
weixin_30458043的博客
12-04 1095
生物信息学原理作业第四弹：DNA序列组装（贪婪算法） 原理：生物信息学（孙啸） 大致思想： 　　　　　　1. 找到权值最大的边； 　　　　　　2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边； 　　　　　　3. 除去以最大权值边为终点为终点的边； 　　　　　　4. 重复上述步骤，得到所有符合条件的边； 　　　　　　5. 拼接得到的边； 　　　　　　6. 加入孤立点（如果有）。 附上...
动态规划--装配线调度算法
weixin_30906185的博客
12-17 214
一、问题描述 　　某个汽车工厂共有两条装配线,每条有 n 个装配站。装配线 i 的第 j个装配站表示为 Si,j ,在该站的装配时间为 ai,j 。一个汽车底盘进入工厂,然后进入装配线 i(i 为 1 或 2),花费时间为 ei 。在通过一条线的第 j 个装配站后,这个底盘来到任一条装配线的第(j+1)个装配站。如果它留在相同的装配线,则没有移动开销。但是,如果它移动到另一条线上,则花...
系统中DNA编码及算法分析
07-05
在计算DNA的过程中,所面临的一大难点就是以表达和传递信息为主要目的编码问题,...首先从遗传密码表、用户DNA配置以及文件DNA编码三方面对编码加以阐述,从DNA操作算子以及访问控制的自然计算过程两方面对算法加以介绍。
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提出了基于贴纸模型的可满足性问题（SAT）的仿真DNA算法。 模拟DNA算法的关键操作是批量分离算子。 本文通过两种方法Swift减小了模拟DNA算法的计算规模。 一种方法是通过引入来改进批量分离算符，并直接简化批量分离...
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《若干图论问题的DNA计算机算法研究》是关于生物计算领域的一个重要研究，主要探讨了如何利用DNA分子来解决图论中的复杂问题。DNA计算机算法是近年来计算机科学与生物学交叉研究的热点，它利用DNA分子的特性进行信息...
错排问题Dn = (n - 1) * (Dn-1 + Dn-2)
敲敲敲
06-12 1012
错排问题
DN的工作原理
大数据
10-09 1286
DataNode 1.提供真实文件数据的存储服务 2.文件块(block):最基本的存储单位。对于文件内容而言，一个文件长度大小是size，那么从文件0皮衣开始，按照固定的大小，顺序对文件进行划分并编号，划分好的每一块称为一个block,HDFS默认Block的大小是128MB,以一个256MB文件，则需要两个block，即256 / 128 = 2 3.不同于普通文件系统的是，HDFS里面，如果...
【算法导论】动态规划算法之装配线调度
青峰碧陋室
11-23 3329
动态规划算法之装配线调度 和分治算法一样，动态规划是通过组合子问题的解而解决整个问题的。但是与分治算法不同的是，动态规划算法适用于子问题不是独立的情况，也就是各子问题包含公共的子子问题。动态规划通常用于最优化问题的求解。看一个问题是否适合采用动态规划算法，主要有两个标志：最优子结构和重叠子问题。 最优子结构：问题的一个最优解包含了子问题的最优解。 重叠子问题：当一个递归算法不断地调用同一问题
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qq_41864867的博客
03-26 631
问题描述： 装配线问题 Description 有两条装配线，编号分别为1和2。每一条装配线上有个n装配点，将第i条线上的第个j装配点记为S_{i,j}Si,j​，设在装配点S_{i,j}Si,j​的装配时间为A_{i,j}Ai,j​。假设要装配一辆汽车，将汽车底盘从进厂点送入第i号装配线，需要时间E_{i}Ei​。在装配点S_{i,j}Si,j​装配后，如果汽车传送到同一号装配线的装...
装配线调度问题的算法解析和验证
weixin_34258838的博客
10-06 342
lienhua342014-10-06 1 问题描述 某个汽车工厂共有两条装配线,每条有 n 个装配站。装配线 i 的第 j个装配站表示为 Si,j ,在该站的装配时间为 ai,j 。一个汽车底盘进入工厂,然后进入装配线 i(i 为 1 或 2),花费时间为 ei 。在通过一条线的第 j 个装配站后,这个底盘来到任一条装配线的第(j+1)个装配站。如果它留在相同的装配线,则没有移动开销。但是,...
最速下降法/steepest descent，牛顿法/newton，共轭方向法/conjugate direction，共轭梯度法/conjugate gradient 及其他
911的专栏
10-12 2903
在最优化的领域中，这“法”那“法”无穷多，而且还“长得像”——名字相似的多，有时让人觉得很迷惑。 在自变量为一维的情况下，也就是自变量可以视为一个标量，此时，一个实数就可以代表它了，这个时候，如果要改变自变量的值，则其要么减小，要么增加，也就是“非左即右“，所以，说到“自变量在某个方向上移动”这个概念的时候，它并不是十分明显；而在自变量为n（n≥2）维的情况下，这个概念就有用了起来：假设自变
DnCNN与TRND的关系理解（一）
u010358125的博客
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这是嵌入 <a target="_blank" href="https://office.com"&amp
机器学习算法汇总大梳理
dnjylhv2296的博客
01-13 263
多分类问题优先选择SVM，随机森林，其次是逻辑回归。 朴素贝叶斯和线性回归都是比较简单的模型，对于数据的要求比较高，功能不是特别强大。 1、决策树 不需要对数据做任何预处理， 2、随机森林 3、数据预处理与特征工程 （1）数据预处理：只需要X 数据无量钢化：标准化(转化为正态分布)、归一化(不改变数据原始分布，改变范围，默认(0-1)) 处理缺失值：可用均...
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