同源异型框与局部联配

同源异型框基因是在大多数物种中存在的调节胚胎发育的基因，尽管同源异型框基因工程在不同特种中有很大差异，但它们中有一个称为同源异型域外的区域非常保守，如果找到这个保守区域并忽略其它相似性很低的区域，提出了局部联配问题
    局部联配问题：
    在2个字符串中寻找最佳局部联配。
    输入：字符串V与W及得分矩阵 δ
  输出：下述条件的V与W的子字符串：在 δ下的全局联配得分是V与W的所有子字符串的全局联配得分为最大者。
   通过在编辑图上加权值为0的边寻找不得一条从源顶点（0，0）到时其他每一个顶点的路径。这些增加的点使源顶点（0，0）成为图中所有前导，并提供了一个从源顶点到任何其他顶点的一个自由跨越。
   于是递归公式为：
    Si,j=max(0,Si-1,j+δ(Vi,-)  ,Si,j-1+δ(-,Wj)  ,Si-1,j-1+δ(Vi,Wj) )
   整个编辑图中Si,j的最大值表示V与W之间的最佳局部联配得分。