基序发现问题和中间字符串问题检索树

1、在一个由k个字母组成的字母表中考虑所有k^l个L-元组片段。对于基序发现问题而言k=n-l+1，而对于中间字符串而言则k=4。

2、ALLLEAVES给定一条L-元组片段，输出所有4元组片段。

NEXTLEAF(a,L,k)

  FOR I<-l TO 1

    IF ai<k

      ai<-ai+1

       return a

    ai<-1

  return a

ALLLEAVES(L,k)

  a<-(1,...,1)

  while forever

    output a

    a<-NEXTLEAF(a,L,k)

    if a=(1,1,...,1)

     return

3、为了列出基序发现问题中所有可能的起始位点，我们可以构建一个有L=t阶层的树，其中每个顶点都有k=n-l+1个子顶点。对于中间字符串问题，L=l而K=4，实际我们只需要检查树的叶子而忽略内部顶点

4、遍历完全树

NEXTVERTEX(a,i,L,k)

  ifi<L

     ai+1<-1

    return(a,i+1)

 else

   forj<-L to1

     if (aj<k)

            aj<-aj+1 

         return(a,j)

 return (a,0)