【matlab初学】数理统计t检验做相关度排序

问题描述

应用数理统计的t检验方法给出相关度的排序，依据是p值越小，相关度越高。

methylationData.csv包含TCGA数据库一部分甲基化数据，说明如下：

样本编号以“01”结尾的代表癌症组织，“11”结尾的代表正常组织；

求解思路

利用xlread读取文件，根据表头01和11的区别把癌症组织数据和正常组织数据区分开。再通过vartest2求各组数据方差，分别按两种情况进行ttest2检验。去除无效行，并将结果用sort函数排序。将结果输出为result.xls。

程序代码

[data text]= xlsread("methylationData.csv"); %%文件读取

[data_r data_c]=size(data);

[text_r text_c]=size(text);

name=text(2:text_r,1);

cancer=[];

health=[];

for i=2:text_c

k=data(:,i-1);

if contains(cell2mat(text(1, i)), '-01')

cancer=[cancer k];

else

health=[health k];

end

end

all_p=[];%%判断方差做t检验

for i=1:data_r

var=vartest2(cancer(i,:),health(i,:));

if var==0

[h,p]=ttest2(cancer(i,:),health(i,:), 'Vartype', 'equal');

else

[h,p]=ttest2(cancer(i,:),health(i,:), 'Vartype', 'unequal');

all_p=[all_p;p];

end

end

[all_p_sorted,I] = sort(all_p);%%排序

name_sorted=name(I);

all_p_sorted=all_p_sorted(~isnan(all_p_sorted));

[name_r name_c]=size(all_p_sorted);

name_sorted=name_sorted(1:name_r,1);

all_p_sorted=num2cell(all_p_sorted);

result=[name_sorted all_p_sorted];

xlswrite('result.xls',result);

大学在读，一些作业随便发发给自己做个记录。（实验报告删了好多东西）