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原创 matplotlib + seaborn作图的基本步骤

matplotlib和seaborn是python的两大核心可视化库,seaborn是matplotlib的进一步封装。由于matplotlib库比较复杂,这里记录一下使用两个库协同作图的过程。使用的data大致格式如下: 结果如下图: ​ import numpy as np im...

2019-08-14 23:34:01

阅读数 106

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原创 Veterbi算法求解HMM第二个问题

// 已知:HMM隐含状态数量,状态转换概率,状态的发射概率,以及初始状态概率分布,根据可见状态链, // 求: 最有可能的状态链顺序 (俗称解码过程) // 穷举法可以求解,但是使用veterbi算法求解时间复杂度会降低很多 // 以下是C++版本veterbi算法过程 #include <...

2019-08-10 20:02:56

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原创 HMM向前算法

1. HMM的第一个问题:已知一个HMM模型, 即状态转移矩阵, 发射矩阵, 初始状态概率矩阵已知,给定一个观察值序列, 求这个观察序列发生的概率。 2. 算法思路:实质上是动态规划算法,关键是找到递推公式 2.1 计算时刻1的各种状态的向前概率:, 2.2 递推2,3...T时刻的概率: ...

2019-08-10 18:31:00

阅读数 35

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原创 c++ 一元高斯混合模型的参数估计

设X服从参数为双高斯一元混合模型: , 是来自总体的样本,则根据所得样本估计X的6个参数 先看一个实例,设 X ~ 0.6N(0, 1) + 0.4N(8, 2), 则其核密度为: 根据https://blog.csdn.net/livecoldsun/article/details/...

2019-08-10 12:05:45

阅读数 22

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原创 matplotlib + seaborn差异表达分析

import numpy as np import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt import seaborn as sns %matplotlib inline # 整理数据,增加一个离散变量表示状态(上调,下调,保持正常) def ...

2019-08-10 10:15:52

阅读数 59

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原创 c++函数指针数组

函数指针数组:把指向函数的指针放入数组;#include&lt;iostream&gt;using namespace std;int pls(int x,int y){    return x+y;}int quad(int x,int y){    return x*y;}in...

2018-03-13 12:15:10

阅读数 77

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原创 单向链表

c++链表主要运用面向对象思维,使用封装,继承,抽象数类型,多态,指针等知识点来写,期间指针悬空了找了好久....,改好了如下:#include&lt;iostream&gt;using namespace std;class Data  //创建Data类,用于存放在链表的内部节...

2018-02-27 14:19:50

阅读数 36

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原创 c++处理vcf文件,随机提取

#include #include #include #include #include #include #include #include using namespace std; vectorsplit(string str,char delimiter='\t&...

2018-02-06 20:46:27

阅读数 241

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原创 c++学习笔记,将文件字符串按行读入容器vector

python的文件直接可以用readlines()方法将文本按行读入列表,但是对于c++我目前没有找到很好的办法将文件按行读入容器vector,先存一个将就用把,后面有新方法再跟进! #include #include #include #include using namespace ...

2018-02-05 17:34:48

阅读数 1309

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原创 c++之运算符重载学习笔记

运算符重载针对的是用户自定义类型对象的运算,主要有两种方式进行重载,一种为友元重载,另一种为类重载: 1友元重载(对+号和-号进行友元重载) #include using namespace std; class Score { private:     int math;    ...

2018-02-02 14:03:36

阅读数 73

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原创 c++浅拷贝和深拷贝理解

为什么c++会设置这两种拷贝呢,因为在某些情况下,类内成员变量需要动态开辟堆内存,如果实行位拷贝,也就是说把对象里的值完全复制给另一个对象,如A=B。这时,如果B中有一个成员变量指针已经申请了内存,那么A中的那个成员变量也指向同一块内存。这就出现了问题:当B把内存释放了(析构),这时A内存就成了野...

2018-01-31 13:48:13

阅读数 100

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转载 网络编程-python

Python Socket 网络编程 Socket 是进程间通信的一种方式,它与其他进程间通信的一个主要不同是:它能实现不同主机间的进程间通信,我们网络上各种各样的服务大多都是基于 Socket 来完成通信的,例如我们每天浏览网页、QQ 聊天、收发 email 等等。要解决网络上两台主机之间的进...

2017-12-15 21:31:24

阅读数 103

评论数 2

原创 tcp编程-python

服务端: import socket word={'a':'1','b':'2','c':'3','d':'4','e&...

2017-12-15 19:49:56

阅读数 55

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转载 mysql 重启

ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/var/run/mysqld/mysqld.sock' (2) 转载 2009年08月05日 22:42:00 ...

2017-12-11 19:49:49

阅读数 147

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转载 fst

计算Fst,Pi,Tajimi'D based on SNP vcf file (2015-06-24 16:04:29) 标签: bioinformatics 分类:bioinformatics Fst:   Fst(Fixatio...

2017-12-05 16:17:19

阅读数 2564

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转载 群体遗传学--Fst指数

群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种,最常用的就是Fst指数。 Fst指数,由F统计量演变而来。F统计量(FIS,FIF,FST)主要有三种。 Fst是针对一对等位基因,如果基因座上存在复等位基因,则需要用Gst衡量, 基因差异分化系数(gene differentiation co...

2017-12-05 12:21:06

阅读数 1185

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转载 ubuntu下python安装第三方模块

Ubuntu环境下完美安装python模块numpy,scipy,matplotlib 原创 2016年06月14日 20:02:04 标签:numpy /ubuntu /python 不同的ubuntu版本安装过这三个模块几次了,然而总是出现各种...

2017-11-30 15:14:04

阅读数 3989

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原创 python分别用while和for于vcf格式提取复等位基因的snp(并计算分别条数)

line=open('cleanqt.vcf','r').readlines()     #use ‘while’ out1=open('alle=1.vcf','w') out2=open('all...

2017-11-29 09:16:27

阅读数 647

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原创 fq文件随机提取sys.argv[1]条reads python

import random import sys fin=open('reads.fq','r').readlines() fout=open('out.fq','w') a=fin[::4] b=fin[1::4]...

2017-11-25 18:07:00

阅读数 304

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