12、蛋白质亚细胞定位预测方法的性能评估

最新推荐文章于 2025-09-25 11:19:21 发布
最新推荐文章于 2025-09-25 11:19:21 发布
阅读量42 收藏
点赞数
CC 4.0 BY-SA版权
分类专栏： 机器学习预测蛋白定位 文章标签： 蛋白质亚细胞定位 GOASVM mGOASVM
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/docker8compose/article/details/151399277

蛋白质亚细胞定位预测方法的性能评估

1. GOASVM的性能

1.1 与Euk - OET - PLoc对比

GOASVM在预测新蛋白质方面明显优于Euk - OET - PLoc。在相关实验中，GOASVM的准确率达到72.20%，而Euk - OET - PLoc仅为55.43%。当允许使用更远缘的同源物在GOA数据库中搜索GO术语时，能提高为每个新蛋白质找到至少一个GO术语的机会，从而提升整体性能。特别是当最远缘的同源物排名为7（kmax = 7）时，GOASVM能为所有新蛋白质找到GO术语，且准确率最高，比仅使用排名最高的同源物时高出近15%。

1.2 与基于其他特征的方法对比

在EU16数据集上，对GOASVM使用不同特征和不同SVM分类器的性能进行了测试，结果如下表所示：
| 分类器 | 特征 | 后处理 | OMCC | WAMCC | ACC |
| — | — | — | — | — | — |
| RBF SVM | AA | 向量范数 | 0.3846 | 0.3124 | 42.30% |
| RBF SVM | AA + PairAA | 向量范数 | 0.4119 | 0.3342 | 44.86% |
| 线性SVM | AA + PairAA + GapAA(48) | 向量范数 | 0.4524 | 0.3797 | 48.66% |
| RBF SVM | PseAA | 向量范数 | 0.4185 | 0.3467 | 45.48% |
| 线性SVM | 轮廓向量 | 几何平均 | 0.5149 | 0.4656 | 54.52% |

了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
5、从头蛋白质亚细胞定位预测：方法与性能评估
fire9的博客
09-26 2
本文介绍了从头蛋白质亚细胞定位预测的方法与性能评估，对比了SCL pred、BaCelLo和WoLF PSORT等多种预测工具在不同生物王国中的表现。研究基于多个数据集（如BaCelLo集、SP 57集）进行十折交叉验证和独立测试，评估各方法在细胞质、线粒体、细胞核、分泌路径及叶绿体等类别的准确性。结果表明，SCL pred在动物和真菌中整体表现更优，在植物特定类别上也有提升；共识预测在部分情况下提高了准确性，尤其在线粒体定位中显著改善。文章还探讨了过拟合问题、数据集规模限制及未来优化方向，强调构建更大更平
12、蛋白质亚细胞定位预测方法的性能分析
9o8p7i6u5y的博客
09-24 5
本文系统分析了GOASVM、FusionSVM和mGOASVM在蛋白质亚细胞定位预测中的性能。研究表明，GOASVM在新蛋白质预测和多数据集上表现优异，显著优于传统方法；FusionSVM通过融合同源性和功能域信息有效提升预测准确率；mGOASVM采用线性核和词频方法，在高维数据下避免过拟合并提升实际预测性能。三种方法均展示了基于基因本体信息在亚细胞定位预测中的强大能力，为生物信息学研究提供了高效可靠的工具。
11、蛋白质亚细胞定位预测
uran的专栏
06-16 211
本文详细介绍了蛋白质亚细胞定位预测的技术和工具。通过分析蛋白质的氨基酸序列信息，结合支持向量机（SVM）、模糊逻辑和神经网络等方法，研究人员可以快速而准确地预测蛋白质在细胞内的具体位置。文中还讨论了多种常用预测工具如pTARGET、WoLF PSORT、BaCelLo、LOCtree和TargetP，并探讨了其在植物、动物和真菌蛋白质定位中的应用。此外，文章涵盖了实验设置、数据集选择、性能评估标准以及该领域在药物研发、疾病诊断和生物医学研究中的广阔前景。
13、蛋白质亚细胞定位预测算法性能分析
9o8p7i6u5y的博客
09-25 30
本文系统分析了mGOASVM、AD-SVM、mPLR-Loc和HybridGO-Loc等算法在病毒和植物数据集上的蛋白质亚细胞定位预测性能。重点探讨了各算法在多标签处理、参数敏感性、特征融合等方面的表现，并通过对比揭示其优势与局限。研究发现，mGOASVM在多标签预测中准确性高且过/欠预测率低；AD-SVM通过调整θ可优化性能；mPLR-Loc受正则化影响显著；HybridGO-Loc的混合特征能有效提升预测效果。最后提出了实际应用中的选择策略及未来研究方向，为相关领域提供参考。
5、从头蛋白质亚细胞定位预测
open4的博客
09-23 11
本文介绍了基于N1-NN架构的从头蛋白质亚细胞定位预测方法SCL pred，并与现有工具如BaCelLo、TargetP、WoLF PSORT等进行性能对比。研究采用多个数据集（包括BaCelLo集、SP 57集等）评估模型表现，结果显示SCL pred在动物和真菌中总体准确率较高，在植物特定类别（如分泌型和叶绿体蛋白）中也具优势，但在线粒体预测上仍有不足。通过十折交叉验证和更大规模的BaCelLo联合集训练，缓解了过拟合问题。进一步分析表明，结合SCL pred、BaCelLo和WoLF PSORT的共识
1、蛋白质亚细胞定位预测：从传统到计算方法的跨越
docker8compose的博客
08-25 39
本文介绍了蛋白质亚细胞定位预测的重要性及其从传统实验方法向计算预测方法的跨越。蛋白质的亚细胞定位对于理解其生物学功能、药物靶点发现和药物设计具有重要意义。传统的湿实验技术如荧光显微镜成像、免疫电子显微镜和荧光标记生物标志物虽然有效，但存在成本高、效率低等局限。因此，基于蛋白质序列特征和基因本体（GO）信息的计算方法成为研究热点。文章综述了主流预测方法，包括基于序列和基于知识的方法，并介绍了多种先进的预测器及其优势。最后，文章讨论了实验设置、结果分析以及未来研究方向，为蛋白质组学和药物研发提供参考。
14、蛋白质分类与定位预测方法的性能评估
docker8compose的博客
09-07 47
本博文围绕蛋白质分类与定位预测方法的性能评估展开，重点探讨了集成随机投影支持向量机（RP-SVM）和基于随机投影的多标签定位预测器（R3P-Loc）的性能表现。通过在病毒、植物和真核生物数据集上的实验验证，评估了随机投影技术在降维、提升分类性能方面的效果，并与其他方法（如PCA、RFE、mGOASVM）进行了对比。此外，还分析了集成大小、特征维度和GO信息深度挖掘对预测结果的影响。结果表明，集成随机投影与深入挖掘GO信息相结合，能够显著提升蛋白质分类与定位预测的准确性，为相关研究提供了重要参考。
10、蛋白质亚细胞定位预测：方法与实验设置
9o8p7i6u5y的博客
09-22 18
本文介绍了基于GO频率和随机投影技术的蛋白质亚细胞定位预测方法R3P-Loc，通过构建紧凑数据库ProSeq和ProSeq-GO实现高效信息提取。采用多标签岭回归分类器进行预测，并结合集成学习提升模型鲁棒性。针对单标签与多标签蛋白质分别构建多个数据集（如EU16、HUM12、NE16、病毒、植物、真核生物等），并使用ACC、OMCC、WAMCC等指标评估性能，尤其强调MCC在不平衡数据中的优势。实验设置严谨，涵盖新颖蛋白质验证，展示了方法的有效性与泛化能力。未来可结合深度学习进一步提升预测精度。
11、蛋白质亚细胞定位预测：多标签数据集与评估方法
9o8p7i6u5y的博客
09-23 30
本文综述了蛋白质亚细胞定位预测中的多标签数据集构建与评估方法，介绍了病毒、植物和真核生物多标签数据集的统计特性及其不均衡分布问题。详细阐述了适用于多标签分类的性能指标，如准确率、精确率、召回率、F1分数、汉明损失、OLA和OAA，并比较了独立测试、K折交叉验证和留一法交叉验证等评估方法。重点分析了GOASVM在不同GO向量构建方法（如1-0值、TF、ISF、TF-ISF）和连续搜索策略下的性能表现，结果显示词频（TF）方法和多级同源搜索显著提升预测准确性。同时简要介绍了其他主流预测器，并对未来研究方向提出展
混合电路仿真入门
10-23
本书深入浅出地介绍了使用OrCAD Capture和PSpice进行模拟与数字混合电路仿真的核心方法。从基础概念到实际操作，涵盖接口节点处理、仿真设置及波形分析等关键环节。通过典型实例如AD7224数模转换器与NE555定时器电路，帮助读者掌握混合仿真流程。书中还提供了丰富的仿真技巧，包括光标测量、周期与占空比计算，适用于电子设计初学者与工程技术人员快速上手。配套示例电路便于实践，全面提升仿真效率与设计准确性。
【无人机协同】基于matlab动态环境下多无人机系统的协同路径规划与防撞（Matlab代码实现）
10-23
内容概要：本文介绍了基于Matlab实现的动态环境下多无人机系统的协同路径规划与防撞方法，重点研究了多无人机在复杂动态环境中的路径规划算法设计与碰撞 avoidance 机制。通过Matlab代码实现，展示了系统建模、路径规划优化及实时避障的全过程，结合仿真验证算法的有效性与鲁棒性。文中涵盖的技术包括协同控制策略、动态障碍物处理、通信交互机制以及安全性保障措施，旨在提升多无人机系统的自主性与协同效率。; 适合人群：具备一定Matlab编程基础，从事无人机、自动化、智能系统或相关领域研究的科研人员及研究生；适用于有一定控制理论与路径规划背景的研究者。; 使用场景及目标：①用于多无人机系统在动态环境下的协同任务执行，如搜索救援、环境监测、编队飞行等；②为路径规划与防撞算法的研究提供可复现的Matlab仿真平台，帮助理解协同控制逻辑并优化算法性能； 阅读建议：建议结合提供的网盘资源下载完整代码进行仿真实践，逐步调试算法模块，深入理解协【无人机协同】基于matlab动态环境下多无人机系统的协同路径规划与防撞（Matlab代码实现）同路径规划的核心机制，并可根据具体应用场景扩展功能。
基于LSTM与自动编码器混合架构的网络入侵检测深度学习模型实现-两阶段深度学习-长短期记忆网络-自动编码器-网络攻击识别-网络安全态势感知-异常流量检测-CICIDS2017数据集.zip
10-23
ACM算法竞赛题解与优化技巧基于LSTM与自动编码器混合架构的网络入侵检测深度学习模型实现_两阶段深度学习_长短期记忆网络_自动编码器_网络攻击识别_网络安全态势感知_异常流量检测_CICIDS2017数据集.zip
微服务架构中的服务放置
10-23
本文探讨了在社区网络（CN）微云环境中，基于带宽与可用性感知的服务放置方法。通过提出一种快速启发式算法BASP，利用网络状态信息优化服务部署，显著提升服务质量。实验表明，该方法在Guifi.net中相较随机部署，带宽增益达211%。在真实视频流与Web 2.0服务部署中，视频块丢失率降低37%，客户端响应时间减少近一个数量级。研究为异构、动态的社区网络提供了高效、低复杂度的服务部署方案，对边缘计算与去中心化云架构具有重要意义。
JESD305-DDR5 RDIMM设计规范和附录合集
10-23
看不惯有人拿公开文档挣钱，全是官网2025最新的，免费下载 包括： 1. JESD305A-DDR5 Registered Dual Inline Memory Module (RDIMM) Common Standard 2. JESD305-R8-RCA_v2.0 3. JESD305-R4-RCB_v1.0 4. JESD305-R8-RCC_v2.0 5. JESD305-R8-RCD_v2.0 6. JESD305-R8-RCE_v2.0 7. JESD305-R4-RCF_v1.0
无人驾驶小车制造与控制实践，完整源码分享给需要的同学
10-23
介绍: 无人驾驶小车制造与控制实践 分工： 修崎峰：PCB设计，小车组装，创建本库 李博浩：环境搭建，代码编写，模型训练 卢梓俊：CAD绘制，激光切割，小车组装 姬国烨：焊接，PCB板制作，小车组装 任宇航：PCB板制作，小车组装 工作记录： Day1: 参观学习铸造、焊接、热处理内容 参观学习钳工、车工、铣工内容 学习CAD制图 Day2: 学习激光切割 学习3D打印 学习电子制作 Day3: PCB设计 Day4: PCB设计，PCB加工 Day5: PCB设计，PCB加工 Day6~Day10: 自动驾驶小车制作与调试
基于卷积神经网络的微信小程序蘑菇识别系统源码及模型部署指南
10-23
本资源包提供了一套完整的蘑菇种类智能识别系统实现方案，采用深度卷积神经网络架构构建核心分类模型。该项目作为经过学术导师专业指导并通过严格评审的本科毕业设计成果，在答辩环节获得98分的优异成绩。系统以微信小程序为载体，集成训练完备的高精度识别模型，配备详尽的系统部署指南与完整源代码。 该资源主要面向以下使用场景：高等院校计算机科学与技术、人工智能等相关专业的毕业设计课题参考；需要进行深度学习项目实践的在读学生；寻求完整项目开发案例进行学习的开发者群体。此外，该系统也可作为机器学习课程的大型作业或学期期末项目的重要参考资料。 资源内容包含三个核心组成部分：完整可运行的微信小程序前端与后端源代码；从环境配置到服务部署的详细操作教程；经过大规模图像数据集训练优化的高准确率卷积神经网络模型文件。整套方案采用模块化设计理念，注重工程实践的规范性与可复用性，为相关领域的学习者与研究者提供具备学术严谨性与工程实用性的参考范例。 资源来源于网络分享，仅用于学习交流使用，请勿用于商业，如有侵权请联系我删除！
QCA极化编码器设计
10-23
本文提出基于量子细胞自动机（QCA）的极化编码器电路设计，用于纳米通信网络。该设计采用自下而上方法，实现低功耗、高集成度的编码架构。通过单层布局降低制造复杂度，并结合极化码的前向纠错能力，提升数据传输可靠性。研究涵盖电路实现、故障分析与能量耗散评估，仿真结果验证了设计的准确性。提出的测试向量可实现100%故障覆盖率，确保电路鲁棒性。器件面积与延迟分析表明，该编码器在纳米尺度下具备高速运行潜力，适用于未来高效、可靠的纳米级通信系统。
机械设计基础的第1至第6章解答
10-23
【源码免费下载链接】：https://renmaiwang.cn/s/arz4s 《机械设计基础1-6章答案》是专为杨可桢、程光蕴、李仲生主编的第五版教材而编写的学习辅助材料。其主要目的是帮助学习者深入理解并掌握机械设计的基础知识。该文档通常包含教材各章节习题的答案，并对相关概念和应用进行了全面阐述。在机械设计基础课程中，学生将系统地学习以下关键内容：首先，了解机械设计的基本原则、流程及标准；其次，掌握机构学的基本理论及其在机械中的应用；然后，探讨材料选择与强度计算的重要性；接着，深入分析螺纹连接的设计要点；随后，研究键、销和轴承的应用技术；之后，学习动力传动的类型及其特性；再后，掌握轴设计的关键要求；其后，了解润滑与密封的基本原理；再来，系统讲解工程图样阅读与绘制方法；最后，在实际问题解决方面提供理论指导。《机械设计基础1-6章答案.doc》这份文档通过详细解析每一道习题，并结合解题思路和知识点进行阐述，旨在帮助学习者巩固理论知识并提升解决实际工程问题的能力。作为一份权威的学习参考资料，该文档对机械设计学习者具有重要的辅助价值。
northstar-Java资源
最新发布
10-24
JAVAAIA
预测蛋白质亚细胞定位 代码
03-02
此代码片段展示了如何创建一个简单的基于Keras框架的一维卷积神经网络来进行蛋白质亚细胞定位预测。需要注意的是，在实际应用之前还需要对原始氨基酸序列进行预处理转换成适合喂入神经网络的形式，并准备好相应的...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值