SGE集群命令

qhost:
qhost -q 显示所有的主机及主机所属队列
qhost -j 显示所有主机及主机下面的任务
qhost -u root 显示指定用户的任务
qhost -F 展示每个节点的资源
qstat: 查看自己的任务
qstat -f 查看自己在每个节点任务信息
qstat -j 1860173 查看指定任务的详细信息
qstat -j \*|grep rna 过滤所有调度任务中rna的信息
qstat -u \*|grep rna 显示所有关于rna的任务
qdel 删除作业
qdel job_id 删除某个作业
qdel -u usrname 删除某个用户的所有任务
挂起作业：
qhold 挂起任务
qhold job_id 挂起某个作业
qhold -u \* 挂起所有作业
qsub:
qsub -V -cwd -q res -l vf=1G,p=1 mv.sh
qsub -V -cwd -l p=1,vf=1g -q ab du.sh
qsub -V -cwd -l p=1,vf=1g -q ab1 mv_wanglu.sh
qsub -V -cwd -l p=1,vf=1g -q ab1 du.sh
qsub -V -cwd -l p=1,vf=1g -q ab1 rm.sh
qsub -V -cwd -q rna -l vf=1G,p=1 mv.sh
qmod:
qmod -cq test 清楚队列错误状态
qalter: 修改网格引擎的挂起或正在运行的批处理任务
qalter -q met 1860173 将任务绑定到队列
qacct: 报告和说明网格引擎的使用情况
qacct -j 1840990 显示历史任务的情况（可用于死掉任务的排错）
qconf:
qconf -me cu01 修改计算节点的cpu和内存
注意事项：
提交任务：
常用命令：qsub -cwd -l vf=* -q * work.sh
实用参数：
-q 申请队列
-cwd 在当前工作目录
-V 在计算节点加载本地环境变量
-l 资源申请
注意：
1、加上 –cwd，否则生成的.o及.e文件会在home下面
2、Shell不能以数字开头，如1.map.sh利用qsub投递会报错
3、任务需要较大内存时，加上-l vf=xxG

qstat：
第一列是任务编号, 第二列是优先级，
第三列是任务名字，在参数里没有特别说明的情况下，SGE会用任务的来源进行命令，STDIN表示来自于标准输入，
第四列是用户名，第五列是运行状态第六列表示任务投递和开始时间，
第七列是任务投递的节点，第8列则是要申请的线程数。
在执行完成后会在家目录下生成"STDIN.e7883"和"STDIN.o7883"
其中7883就是任务编号, 前者存放标准错误输出, 后者存放标准输出
投递任务状态：
qw: 表示等待状态
hqw: 任务挂起等待中，待依赖的任务完成后执行
Eqw: 投递任务出错
r: 表示任务正在运行
s: 暂时挂起
dr: 节之后，删除任务就会出现这个状态，只有节点重启之后，任务才会消失

把cu02从cu队列改到qc队列
1、删除cu02原来所在的cu组
qconf -mhgrp @cu
2、把cu02加到qc组
qconf -mhgrp @qc

集群查看提交节点列表
qconf -ss
添加提交节点列表
qconf -as mu01

查看队列属性
qconf -sq cu
查看队列哪些用户能用
qconf -suserl

对整个集群批处理：
tentakel -g all "date"
重新挂载backup盘：
1、分别卸载backup所有盘
tentakel -g all "umount -l /backup01"
...
2、分别挂载所有盘
tentakel -g all "mount -t nfs -o vers=4 io01:/backup01 /backup01"
...
重新挂载lustre盘：
tentakel -g all "umount -l /lustre"
tentakel -g all "mount -t lustre 192.168.101.101@o2ib:/lustre /lustre"

SGE命令 - 陶清刚 - 博客园