SGE集群软件安装

1、安装依赖：

yum install epel-release -y

yum -y install jemalloc-devel openssl-devel ncurses-devel pam-devel libXmu-devel hwloc-devel hwloc hwloc-libs java-devel javacc ant-junit libdb-devel motif-devel csh ksh xterm db4-utils perl-XML-Simple perl-Env xorg-x11-fonts-ISO8859-1-100dpi xorg-x11-fonts-ISO8859-1-75dpi gcc

2、下载并安装SGE

wget https://arc.liv.ac.uk/downloads/SGE/releases/8.1.9/sge-8.1.9.tar.gztar zxf sge-8.1.9.tar.gz

tar zxf sge-8.1.9.tar.gz
cd sge-8.1.9/source/
sh scripts/bootstrap.sh && ./aimk && ./aimk -man
export SGE_ROOT=/Bio/gridengine && mkdir -p $SGE_ROOT
echo Y | ./scripts/distinst -local -allall -libs -noexit

3、安装qmaster

cd $SGE_ROOT
./install_qmaster （一路回车，中间需要设置管理员账号）

4、将qmaster加入计算节点

./inst_sge -x -host c03  （一路回车）

5、验证

source $SGE_ROOT/default/common/settings.sh

执行命令：qstat -f   
                      
queuename                      qtype resv/used/tot. load_avg arch          states
---------------------------------------------------------------------------------
all.q@c03                      BIP   0/0/2          0.16     lx-amd64     

6、其他机器加入SGE机器计算节点

       需要加入计算节点的机器通过NFS挂载qmaster SGE_ROOT安装目录，建议和 SGE_ROOT的安装路径保持一致
a、在qmaster节点上
source $SGE_ROOT/default/common/settings.sh
qconf -ah hostname

b、再需要添加的计算节点上
cd $SGE_ROOT
./inst_sge -x -host hostname （一路回车）