Dockerfile: 安装 R 包的方法（包含安装 Github 和 Bioconductor 包） + 安装失败后报错退出 / 判断是否成功安装 R 包

前提

若使用传统方法

RUN R -e "install.packages('包')"

来安装R包，安装失败后不会有任何提示且继续进行下一步，执行镜像后出现报错不太友好。

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方法

安装后不退出（无法判断是否安装成功）

普通包

1. 添加指定镜像

RUN R -e "install.packages('包'), repos='http://cran.rstudio.com/'"   #官方源

RUN R -e "install.packages('包'), repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/'"   #清华源

若要安装多个R包：install.packages(c('包','包'))

2. 使用Rscript安装

RUN Rscript -e "install.packages('包')"

3. 使用install2.r安装
   使用该方法要在最开始指定FROM：
   rocker-org的 r-ver 、r-studio、tidyverse、shiny 或shiny-verse镜像都行

FROM rocker/tidyverse:latest
RUN install2.r 包

若要安装多个R包：
① 包 包 #中间以空格作为分隔符
②

包 \
包 \
包

Github包

1. 使用devtools安装

RUN R -e "install.packages('devtools')"
 && R -e "devtools::install_github('项目来源/项目名')"

2. 使用installGithub.r安装

RUN installGithub.r 项目来源/项目名 \
 && rm -rf /tmp/downloaded_packages/
# 一个好的做法是删除所有下载的软件包，以减少镜像大小。

BioConductor包

1. 使用BiocManager安装

RUN R -e "install.packages('BiocManager')"
 && R -e "BiocManager::install('包')"

2. 使用install.r安装

RUN install2.r -r http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc --deps TRUE \
    包 \
    && rm -rf /tmp/downloaded_packages/
# 一个好的做法是删除所有下载的软件包，以减少镜像大小。

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安装后退出（判断是否安装成功）

普通包

1. 普通安装

RUN R -e "install.packages('包');     if (!library(包, logical.return=T)) quit(status=10)"

2. install2.r安装

FROM rocker/tidyverse:latest
RUN install2.r --error 包

Github包

1. 使用devtools安装

RUN R -e "install.packages('devtools')"
 && R -e "devtools::install_github('项目来源/项目名')"
RUN R -e "if (!library(项目名, logical.return=T)) quit(status=10)"

PS：installGithub.r没有--error参数

BioConductor包

1. 使用BiocManager安装

RUN R -e "install.packages('BiocManager')"
 && R -e "BiocManager::install('包')"
 RUN R -e "if (!library(包, logical.return=T)) quit(status=10)"

2. 使用install.r安装

RUN install2.r --error -r http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc --deps TRUE \
    包 \
    && rm -rf /tmp/downloaded_packages/

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参考

1. adding R package for installation from Github in Dockerfile
2. how to install from bioconductor using install2.r from littler?（这里有下载Bioconductor包的另一种方法）
3. Rocker Project: Extending images
4. Make Docker build stop after if RUN fails in multi-stage build
5. Install R packages using docker file

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我的Dockerfile示例

前略，有指定FROM

# Install library
RUN install2.r --error --skipinstalled \
    shinydashboard DT pheatmap shinyjs shinyWidgets IDPmisc devtools htmlwidgets log4r gplots RcppArmadillo BiocManager reshape2 checkmate lme4 ggrepel rhandsontable viridis

RUN installGithub.r Vitek-Lab/MSstats \
    && rm -rf /tmp/downloaded_packages/
RUN R -e "if (!library(MSstats, logical.return=T)) devtools::install_github('Vitek-Lab/MSstats')"
RUN R -e "if (!library(MSstats, logical.return=T)) quit(status=10)"

RUN R -e "BiocManager::install('AnnotationDbi')" \
 && R -e "BiocManager::install('org.Hs.eg.db')" \
 && R -e "BiocManager::install('org.Sc.sgd.db')" \
 && R -e "BiocManager::install('org.Rn.eg.db')"
RUN install2.r --error --skipinstalled -r http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc --deps TRUE \
    AnnotationDbi \
    org.Hs.eg.db \
    org.Sc.sgd.db \
    org.Rn.eg.db \
    && rm -rf /tmp/downloaded_packages/

完整Dockerfile内容见这里

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