山威SDUWH高性能计算课程HPL & HPCC软件快速安装脚本

duchenhe

已于 2023-03-14 00:12:14 修改

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文章标签： linux hpc

于 2020-03-14 00:44:07 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/duchenhe/article/details/104853404

版权

写这个脚本是为了方便女朋友安装。
本人水平有限，如有疏漏还请指出。

这个文档提供了一个脚本，可以帮助你很轻松地安装 2020 年第一学期贺红老师的 18 级高性能计算课程开始所需要的HPL和HPCC两个 benchmark 工具，请按照如下步骤进行，除此之外不需要下载任何BLAS等其他软件包：

写了一个编写过程和原理解释，有兴趣的同学可以看一下，一起交流^ ^

点这里看编写过程和原理解释
 或者点这里

2023年3月13日更新：

更新脚本下载链接
3年过去了，SDUWH也发生了翻天覆地的变化，故该脚本可能已无法适应当前的集群环境。劳请诸君自行测试，如无法使用，可参考本脚本及本人在CSDN上的原理讲解进行修改。祝大家玩得开心！

2022年3月2日更新：

停止使用FTP协议，改为使用HTTP协议传输。

【重要】2020年3月14日 18:40更新：

之前由于个人疏忽，没仔细看账号主目录下的.bashrc文件，因此造成断开再登录时测试报错，提示"Error While Loading Shared Libraries: libiomp5.so"，解决方法如下：

如果之前未安装，新的脚本已经更新，无需操作。
如果之前使用脚本安装过：

临时方案：每次登录时，执行（在哪个目录执行无所谓）
# 取出/home/train/.bashrc中的命令并执行
source ~/../bashrc

优点	不改变shell登录时的配置文件
缺点	只在一次登录中有效，断开连接（注销）后即失效

永久方案：登录，进入到自己学号的目录，执行
# 用/home/train/.bashrc覆盖用户主目录下的.bashrc
cp ~/../bashrc ~/.bashrc
下次再登录的时候就不会出现问题了。

优点	一次修改，永久生效（当然也可以再改回去）
缺点	其实没啥缺点

2020年3月14日 11:40更新：部分账号下由于之前安装更改了环境变量导致错误。加上了修复`MKL`等环境变量的语句。

1. 准备工作

登录学校 VPN，并使用 Xshell 等 ssh 连接软件连接到学校超算节点

确认你已经创建了你自己的目录，并进入你的目录，请执行：

cd 201800XXXXXX

结果如下图所示，注意$符号前出现了你的学号

2. 下载脚本并使用

请务必确认你现在处于你自己的目录（以你学号命名的目录）下，执行

wget --no-check-certificate http://duchenhe.xyz/paperbox/install-onekey.sh

# 获取执行权限并执行

chmod +x install-onekey.sh
./install-onekey.sh

按照提示输入 y，脚本自动完成下载、解压、编译等任务
耐心等候一小会，坐和放宽，最后结果如下图，不出现 error 提示就对

更细致地说，满足以下条件，代表程序编译成功：

目录 201800xxxxxx/hpl-2.3/bin/sduwhhpl 下，有HPL.dat和xhpl两个文件，表示HPL编译成功

目录 201800xxxxxx/hpcc-1.5.0 下，有hpcc文件，表示 HPCC 编译成功

3. 测试

具体测试目录见上面

测试 HPL

#在 HPL.dat 文件所在目录（详细目录见上面）下执行 xhpl 程序

mpirun -np 4 ./xhpl # 4个CPU并行

测试 HPCC

#在hpcc所在目录（详细目录见上面）执行下列操作
cp \_hpccinf.txt hpccinf.txt
mpirun -np 4 ./hpcc
# 运行结束后会在当前目录生成一个 hpccoutf.txt 的结果文件

以上就是全部的安装过程了，祝愿安装顺利。

4. 一些发现

HPL(High Performance Linpack)，是用于并行计算的高性能计算测试软件。当前最新版本是2.3。HPCC 本质上就是使用的HPL，HPCC 1.5之后就不再更新，HPCC 集成的是HPL 2.0因此两者的编译文件非常相似。只需要修改一点地方。区别仅在于HPCC不需要在配置中指定HPL目录，因此那部分不填。

HPL 的编译配置文件，我是基于setup目录里的Make.Linux_Intel64修改，使用此模板的原因是学校集群使用的是 Xeon E5-2620 处理器。我们所在的 train 目录下已经写好了mkl和mpi的环境变量，因此不需要再下载blas和mpi软件包。