【无标题】

生信学习笔记 Day1

markdown 语法

1 标题等级

#越多，标题等级越低

2代码块

粘一下前几天尝试的火山图

getwd()
setwd("D:\\data")
dataset_DEG1 <-read.csv(file="1.csv",header = TRUE)
install.packages("ggpubr")
install.packages("ggthemes")
library(ggpubr)
library(ggthemes)
library(ggplot2)
dataset_DEG1$logp <- -log10(dataset_DEG1$pval)
dataset_DEG1$logfc <- log2(dataset_DEG1$fc)
ggscatter(dataset_DEG1, x = "logfc", y ="logp")+theme_base()
dataset_DEG1$aaa ="not significant"
dataset_DEG1$aaa[which((dataset_DEG1$pval < 0.05)&(dataset_DEG1$logfc >1.2))]="up regulated"
dataset_DEG1$aaa[which((dataset_DEG1$pval < 0.05)&(dataset_DEG1$logfc< -1.2))]="down regulated"
table(dataset_DEG1$aaa)

ggscatter(dataset_DEG1, x="logfc", y ="logp", color ="aaa", palette = c("green","grey","red"), size =1)+theme_base()+
  geom_hline(yintercept =1.30, linetype="dashed")+
  geom_vline(xintercept = c(-1.2,1.2),linetype ="dashed")

3引用

引用时用“>”
强调，加粗，高亮，删除

文本内引用代码print(x)

4 表格

id	fc	pval
1	0.7875158	1.20e-09
2	0.7991428	2.51e-09

5 列表

authors

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