数据可视化实战，画个新冠肺炎地图

本文来源于和鲸社区，作者王大毛

文中涉及数据集下载地址：

https://www.kesci.com/home/project/5e426eb4b8c462002d69c1c9/dataset 

导入库
导入数据
import pandas as pd 
import matplotlib.pyplot as plt
import folium
import folium.plugins as plugins
import numpy as np
import datetimedata= pd.read_csv("/home/kesci/input/2019ncov5600/2019_nCoV_data.csv")
print(data.head())
print(data.info())

一、数据清洗

1.Sno编号列没有用，要删去

data.drop(['Sno'],axis=1,inplace=True);

2.部分国家对应的地区为NAN，需要填充为空白字符串

data['Province/State'].fillna('',inplace=True)

3.部分国家/地区，受感染人数为0，也被列在表格中，需要删去

data.drop(data[data['Confirmed']==0].index.to_list(),axis=0,inplace=True)

4.查看受影响的国家/地区的数量

countries = data['Country'].unique().tolist()

print(countries)

5.中国有China, Mainland China两个写法，需要统一；另外还有一些你懂的问题需要修正

data['Country'].replace({'Mainland China':'China','Hong Kong':'China','Macau':'China','Taiwan':'China'},inplace=True)

countries = data[data['Confirmed']!=0]['Country'].unique().tolist()
print('迄今为止，受影响的国家/地区：',countries)
print('迄今为止，受影响的国家/地区个数：',len(countries))

二、取出最新数据

观察后发现，这个原始表格每天会把最新的数据更新在表格最后，而且，并不是每天每个国家都会更新数据。所以，需要筛选出每个国家的最新数据

5.将Date转化为datetime格式，方便操作后面进行时间的比较

data['Date'] = data['Date'].apply(pd.to_datetime)
data.head()

6.按国家+城市字段分组，方便进行时间上的筛选

grouped = data.groupby(['Country','Province/State'])

7.选出每个国家/城市最新的数据

latest = grouped['Date'].idxmax()
data_latest = data.loc[latest]

data_latest.head()

又发现一个问题，比如Australia，一开始是以国家为单位报数据，之后又分成小区域报数据，会导致计算重复，所以要删除这部分数据。也不能直接删，因为不知道有多少国家的数据有这个问题。

8.筛选出国家对应的城市字符串为空，且该国家下的城市（包括空字符串）数量大于一 的数据

useless=data_latest[
    (data_latest['Province/State']=='') &
    (data_latest['Country'].apply(lambda x:data_latest['Country'].value_counts()[x])>1)
    ].index.to_list()
    
useless

9.删除这些数据

data_latest.drop(useless,inplace=True)

三、简单的可视化

10.查看各个国家总感染数据

world_cases = data_latest.groupby(['Country'])['Confirmed','Deaths','Recovered'].sum().sort_values(by='Confirmed', ascending=False)
world_cases

11.可视化以上数据，因为中国的确诊数量太大，故不放在图片里

plt.figure(figsize=(12, 8))

plt.barh(y=world_cases[1:].index,width=world_cases['Confirmed'][1:],color='lightcoral')

 读入坐标数据

world_coordinates = pd.read_csv('/home/kesci/input/2019ncov5600/world_coordinates.csv')

12.将坐标数据与国家感染数据合并

world_data = pd.merge(world_coordinates,world_cases,on='Country').sort_values(by='Confirmed', ascending=False)
world_data

13.用folium创建一个初始地图，中心点(35,0)，缩放2.3

world_map = folium.Map(location=[35, 0], zoom_start=2.3)
world_map

14.先尝试在地图上画出中国的点

lat=world_data.iloc[0]['latitude']
lon=world_data.iloc[0]['longitude']

folium.CircleMarker([lat, lon],
                    radius=20,
                    color='red',
                    fill_color='red',
                    fill_opacity=0.7,
                    popup = ('<strong>国家</strong>: China<br>'
                                '<strong>确诊</strong>: ' + str(world_data.iloc[0]['Confirmed']) + '<br>')
                    ).add_to(world_map)
world_map

15.了解套路之后，用for画出剩余的圆圈

for lat, lon, value, name in zip(
    world_data.iloc[1:]['latitude'],
    world_data.iloc[1:]['longitude'],
    world_data.iloc[1:]['Confirmed'],
    world_data.iloc[1:]['Country']):
    
    folium.CircleMarker([lat, lon],
                        radius=value*0.2,
                        color='red',
                        fill_color='red',
                        popup = ('<strong>国家</strong>: ' + str(name).capitalize() + '<br>'
                                '<strong>确诊</strong>: ' + str(value) + '<br>')
                        ).add_to(world_map)
world_map

 16.查看中国的各地区的数据

china_cases=data_latest[data_latest['Country']=='China'].sort_values(by='Confirmed', ascending=False)
china_cases.head()

17.画出出湖北外确诊病例的饼图

explode =np.hstack((np.zeros(10),np.linspace(0,3,len(china_cases)-11)))

plt.figure(figsize=(12, 8))

plt.pie(china_cases['Confirmed'][1:],labels=china_cases['Province/State'][1:],autopct='%1.1f%%',explode=explode);

 18.画出除湖北外确诊和痊愈的数据

plt.figure(figsize=(12, 8))
plt.barh(width="Confirmed", y="Province/State", data=china_cases[1:], color="lightcoral");
plt.barh(width="Recovered", y="Province/State", data=china_cases[1:], color="palegreen");

 读取中国的坐标数据集

china_coordinates= pd.read_csv("/home/kesci/input/2019ncov5600/china_Province_coordinates.csv")
china_coordinates.head()

19.坐标数据集中，name3要和Province/State匹配，所以要改个名字。以及，原表格Province/State有大写，要处理成全部小写

china_coordinates.rename(columns={'name3':'Province/State'},inplace=True)
china_cases['Province/State']=china_cases['Province/State'].map(lambda x:x.lower())

20.两个表格数据匹配

china_data = china_cases.merge(china_coordinates)
china_data.head()

21.画出中国的感染分布，先画一个背景，中心点(39.91666667,116.383333)，基础缩放4

latitude = 39.91666667
longitude = 116.383333
 
china_map1 = folium.Map(location=[latitude, longitude], zoom_start=4)
china_map1

22.画出武汉的数据

folium.CircleMarker([china_data.iloc[0]['lat'],china_data.iloc[0]['lon']],
                    radius=20,
                    color='red',
                    fill_color='red',
                    fill_opacity=0.7,
                    popup = ('<strong>省份</strong>: 湖北<br>'
                        '<strong>确诊: </strong>' + str(china_data.iloc[0]['Confirmed']) + '<br>'),
                    ).add_to(china_map1)
china_map1

23.画其他省市的数据

for lat, lon, value, name in zip(
    china_data.iloc[1:]['lat'],
    china_data.iloc[1:]['lon'],
    china_data.iloc[1:]['Confirmed'],
    china_data.iloc[1:]['name2']):
    
    folium.CircleMarker([lat, lon],
                        radius=value*0.01,
                        color='red',
                        fill_color='red',
                        popup = ('<strong>国家</strong>: ' + str(name) + '<br>'
                                '<strong>确诊</strong>: ' + str(value) + '<br>')
                        ).add_to(china_map1)
china_map1

四、复杂的可视化

这部分我们要做个动态的地图

先读取另一份颗粒度细一点儿的数据

china_history=pd.read_csv('/home/kesci/input/ncov6321/DXYArea.csv')
china_history.head()

24.再来一套和之前差不多的操作，丢掉province_confirmedCount, province_suspectedCount, province_curedCount, province_deadCount四列数据

china_history.drop([
    'province_confirmedCount',
    'province_suspectedCount',
    'province_curedCount',
    'province_deadCount'],
    axis=1,
    inplace=True
    )

25.将updateTime转换成date格式，就是只保留日期部分

china_history['updateTime']=china_history['updateTime'].apply(pd.to_datetime).dt.date

因为涉及到后面要匹配城市名字和坐标数据集的问题，所以现在要分几部分修改一些城市（区域）的写法

26.因为大部分城市都没有加“市”字，所以，要把直辖市的下属区的“区”字去掉。另外，这几个直辖市有时加“区”有时不加，所以需要判定一下（以下就写了上海市的）

china_history.loc[china_history['provinceName'] == '上海市','cityName'] = china_history[china_history['provinceName'] == '上海市']['cityName'].apply(
    lambda x: x[0:len(x)-1] if len(x)>2 else x)

还有一些没有变化规律的城市名字，互联网民工手动整理出来了，是个叫city_rename的字典

city_rename= {
    '恩施州':'恩施土家族苗族自治',
    '神农架林区':'神农架林',
    ...
    '丽江市':'丽江'}

27.这部分没有规律的名字也同样需要修改

china_history['cityName']=china_history['cityName'].apply(
    lambda x:city_rename[x] if x in city_rename else x)

读入详细坐标数据集

china_coor2=pd.read_csv('/home/kesci/input/chinacoor9160/china_coordinates.csv',header=None)
china_coor2.head()

28.因为坐标集没带标题，所以要给标题重命名，顺便将城市名列改成和前面一致

china_coor2.rename(columns={0:'code',1:'cityName',2:'lon',3:'lat'},inplace=True)

29.因为前面感染数据的表格，城市名后面都没有带“市”“区”，所以统一给去掉

china_coor2['cityName']=china_coor2['cityName'].apply(lambda x:x[0:len(x)-1])
china_coor2.head()

30.2个表格合并

china_history_data=china_history.merge(china_coor2)
china_history_data.head()

这里开始做动态地图需要的数据。需要构造一个三维数组，形如[[[Y1,X1,W1],...,[Y1,X1,W1]],[[Y1,X1,W1],...,[Y1,X1,W1]],...,[[Y1,X1,W1],...,[Y1,X1,W1]]]，最外面一层是时间，每一层时间里面包含一堆数据点，每个数据点里面是坐标+数值。

31.筛出时间帧

update_time=china_history_data['updateTime'].unique()

32.用for循环构造出三维的数组

data_move=[]

for i in update_time[::-1]:
    tmp_pd=china_history_data[china_history_data['updateTime']==i]
    data_move.append(tmp_pd[['lat','lon','city_confirmedCount']].values.tolist())

33.再开个新地图，将刚刚构造的数组传给folium的HeatMapWithTime，并设置auto_play=True

m=folium.Map(location=[latitude, longitude], zoom_start=4)
plugins.HeatMapWithTime(data_move[:15],auto_play=True).add_to(m)
m

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