FanJin的博客

在众多编程语言中，R语言是典型的运行慢和耗内存。当数据表比较庞大（比如一个数据集达100G），而内存有限时（比如一台普通电脑内存16G），使用R语言一次读入和处理，常规做法完全不可行。即使调大虚拟内存（swap空间），使用memory.limit（Windows系统）或 ulimit -s -v（Linux系统）等操作（虚拟内存其实很慢），即使再辅之以rm()和gc()及时清理内存（个人感觉效果甚...

用R语言遇到的一些问题。经常看到rcs()函数，比如拟合回归时：f <- cph(S ~ rcs(age,4) + sex, x=T, y=T)。关于RCS的理解，可以参考：Restricted cubic splines另外，丁香园里有人给出这样的看法：rcs全称是restricted cubic spline 即限制立方样条函数。为什么用它呢？我们在做回归拟合数据时，经...

Nomogram的教程：Logistic、Cox回归之图形化呈现（R语言中绘制Nomogram）、教你用R画列线图，形象展示预测模型的结果、基于R的生存资料预测模型构建与Nomogram绘制ggplot绘图细节汇总：ggplot2中如何设置坐标轴大小等绘图细节（总结整理）生存分析的一些资料：R语言-Survival analysis（生存分析）Survival Analysi...

建立一个模型后，我们常常会评价模型的区分度（discrimination）和校准度（calibration）。生存模型中，我们经常会看到使用calibration图来呈现模型的校准度。笔者近期查阅了网上许多绘制calibration图的R代码，发现很多代码忽略了time.inc参数的使用，甚至注释中提到了这个参数的重要性却仍然用错了。将愚见记录与此，若有理解错误，烦请大佬指正。发现这个问题是源...