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banlucainiao
立身以力学为先,力学以读书为本。 —郑耕老《劝学》
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BLAST+使用方法
BLAST+与BLAST相比,有很多改进和提高,NCBI强烈推荐放弃BLAST,使用BLAST+, 这里说的BLAST和BLAST+,都是本地的,与之前的那个批量BLAST小程序不是一回事。BLAST下载地址:NCBI BLAST+ 。BLAST+的一般用法如下:格式化数据库makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids转载 2016-10-27 14:49:12 · 10364 阅读 · 0 评论 -
Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程
本文提供在Linux系统中进行NCBI BLAST+本地化的方法。实测环境为Linux64位系统,无ROOT权限。本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用),高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法,一是因为思路一样,二是因为Linux中BLAST效率更高,系统更稳定,不会卡死。所以,请用Linux服务器,我想你也不忍心让自己心爱的本本跑几十个小时的程序吧。请不要因为篇转载 2016-10-27 14:43:06 · 31620 阅读 · 3 评论 -
<二代测序> 批量下载 NCBI sra 文件
本文最近更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51078460前文 http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 介绍了如何采用 sra-toolkit 下载 sra 文件,但是如果你想下载整个项目的所有样本,应该怎样批量下载呢,下面参考转载 2016-10-30 21:17:57 · 1228 阅读 · 0 评论 -
非常快速而且能够处理成千上万条序列的建进化树软件FastTree
之前推荐过但是当时自己没有用过,现在尝试了一下,发现确定非常快。拿我的问题来说,总共3000多条序列,序列长度为1700nt,我用Phylip中最快的的Neighbor-joining计算花了一个小时以上,而且是在我的主机,而用我装的虚拟机(内存500M,计算能力肯定不能主机)FastTree计算,只花了不到20分钟,而且更强悍的是它还给出了每个节点的可信度(local support val转载 2017-04-10 16:15:51 · 7480 阅读 · 1 评论 -
BLAST+技术文档
https://wenku.baidu.com/view/6d7c7b6e5ef7ba0d4b733b75.html转载 2017-07-04 20:23:27 · 469 阅读 · 0 评论 -
生物信息学相关网站
生物信息学与生物计算:http://bioinformatics.weizmann.ac.il/ 这是生物信息学和生物计算学的网站,由Weizmann科学研究所,生物服务部和Crown人类基因组学中心支持。研究领域主要涵盖序列分析,蛋白质组学和基因组学等。该网站提供了数据库,电子论坛,教育,新闻,软件,招聘启事等。该网站还提供了相关链接,包括欧洲分子生物学以色列国家网点,以色列国家基因组...转载 2018-04-09 10:21:38 · 3367 阅读 · 0 评论 -
分子生物学中常用数据库
转自生物统计家园http://www.biostatistic.net/thread-2498-1-1.html下面的数据库很有用,所以先保存下来了。非常感谢生物统计家园的总结!综合数据库:最权威的生物信息学网址链接:http://www.bioinformatics.vg 生物信息学网址链接:http://www.bioinformatics.ca/links_directory/Nucleic...转载 2018-04-02 15:18:51 · 5313 阅读 · 1 评论