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原创 Leetcode 8. String to Integer (atoi) 字符串转整数 (atoi)

 使用正则表达式非常简单,代码简短,速度也不慢(68ms)在python中打败94%class Solution: def myAtoi(self, str): """ :type str: str :rtype: int """ import re pattern1 = re.compi...

2018-08-17 14:22:07 266

原创 Leetcode 892. 三维形体的表面积 python 版本

https://leetcode-cn.com/contest/weekly-contest-99/problems/surface-area-of-3d-shapes/分为四步:第一步:总面试是个数*6第二步:同一位置,从2层以上开始,每升高一层,减少2个面第三部:左右位置,每相邻一个,减少两个面第四步:前后位置,每相邻一个,减少2个面 在 N * N 的网格上,我们...

2018-08-26 12:52:59 1290

原创 Leetcode 893. 特殊等价字符串组 python 版本

https://leetcode-cn.com/contest/weekly-contest-99/problems/groups-of-special-equivalent-strings/题目看起来略微费解,看明白题目后,方法比较简单,分为2步:第一步,找所有字符串,所含字母一样的字符串。第二部,找其中奇数位一样的字符串(或者偶数位)符合上面两个条件的是一组。 你将得到...

2018-08-26 12:46:05 1252

原创 Leetcode 889. 根据前序和后序遍历构造二叉树

题目链接: https://leetcode-cn.com/contest/weekly-contest-98/problems/construct-binary-tree-from-preorder-and-postorder-traversal/返回与给定的前序和后序遍历匹配的任何二叉树。 pre 和 post 遍历中的值是不同的正整数。 输入:pre = [1,2,4,5,...

2018-08-20 13:44:11 3376 2

原创 python 可视化包-plotnine

# plotnine安装官网:https://plotnine.readthedocs.io/en/stable/index.html github:https://github.com/has2k1/plotnine ggplot2官网:http://ggplot2.tidyverse.org/reference/index.html#section-plot-basics cond

2017-11-20 18:22:18 8991

原创 Perl 6 GTK::Simple

Perl 6 GTK::Simple以下内容在Ubuntu:14.04下测试成功。晚上闲来无事,在看Perl 6 的模块,看到一个GTK::Simple,索性就按照他的例子尝试了一下。 https://modules.perl6.org/在安装GTK3 librarysudo apt-get install libgtk-3-dev试用https://github.com/perl6/gtk-s

2016-01-07 00:27:43 1858

原创 Perl 6 简单的并行

Perl 6 简单的并行以下内容摘取于:Perl Introduction第14节 http://perl6intro.com/#_parallelism_concurrency_and_asynchrony数据的并行计算什么是数据的并行呢?就是有一个大的数据列表,每一个数据都用相同的处理方式,普通的方式我们会一个一个的处理。 那么并行就是可以分为部分,同时进行处理。 下面有一个很简单的例子

2016-01-06 23:25:55 2635

原创 Perl6 文件相关内容

Perl6 文件相关内容以下内容,主要来源于以下网页的提取。 http://doc.perl6.org/type/IO 还有下面: https://doc.perl6.org/language/io昨天我们简单说了’slurp’ 和’spurt’这两个读文件和写文件的函数。 但是 Perl6 相关还有很多的相关函数。print 函数标准输出,和 Perl5 一样。也就是需要手动加上换行符。

2015-12-31 00:31:39 1531

原创 Perl 6 网页抓取

Perl 6 网页抓取学习最快的方法是能够在平时用上。首先来学习一下网页的抓取。 这里又涉及到模块的安装panda的使用方法。Perl 6的安装http://rakudo.org/how-to-get-rakudo/上面的教程非常详细,顺便把panda都安装了。利用panda安装模块$panda -installed list # 列出所有已经安装的模块。$panda list # 列出所有的模

2015-12-30 00:51:24 1624

原创 如何使用Mega cc

如何使用Mega ccTable of Contents1 github地址:2 下载3 使用3.1 安装3.2 输入文件3.3 输出文件3.4 运行MEGA-CC3.5 MEGA-Proto (分析模版)3.6 Demo1:实例13.7 Demo2: 实例23.8 自我实例4 mao 文件简单解析5 在Linux下如何使用1 github地址:

2014-03-30 19:25:23 10262

翻译 Using Perl6 第二章:The Basics

2: The BasicsTable of Contents1 about2 第二章:基础1 aboutgithub地址:https://github.com/gaorongchao/Perl6/tree/master/Using_perl6如果发现任何错误和翻译不当的地方,请告知,非常感谢。2 第二章:基础Perl起源于一个

2014-03-23 20:38:07 2143

翻译 PHP和Python如何侵占了Perl如此大的份额

Once in a while someone comes up with a Perl is .... post, and there are always people who point out why their measurement is flawed and how everything is perfect. Yet there are people with mid-career

2014-03-19 09:10:27 2741

原创 R作图之 annotation详解!

chapter: Annotations作者:扬眉剑数盟群1:174306879 数盟群2:110875722数盟论坛:http://datameng.com/bbs/forum.php说明:文章内容主要主要来自《R Graphics Cookbook》网盘:http://yun.baidu.com/share/link?shareid=3608279111&uk=1292783730gi

2014-02-22 09:24:44 25952 1

原创 用R的基础作图系统和ggplot2做常用图

课程目的复习基础作图命令学习基本的ggplot作图命令这里我们会用R语言中的基础作图系统和ggplot2中的qplot以及ggplot作常见的图。下面是几种常见的图:散点图线图条形图直方图,和密度图箱线图饼图扇形图 常见的图形的代码都在下面的网站里。 http://docs.ggplot2.org/current/命令简介plot: 是R基础作图的命令qplot

2014-02-16 14:46:11 16652

翻译 Perl5 split 函数的使用详细讲解

文章来源与:http://perlmaven.com/perl-split 翻译:扬眉剑(GRC)rongchaogao@gmail.comTable of Contents1 一个简单的例子2 限制分成几分3 通过split给标量赋值4 用更复杂的正则分割5 按照多种字符分割6 分割字符1 一个简单的例子1: use Data::Dumper;2:

2013-12-30 19:28:29 7011

原创 关闭vim bell 响铃的方法

国内的帖子太无语了,全都一样,还都不qi

2013-11-21 20:16:37 4628 1

原创 关于R语言中文公开课

自己在学习的过程中不断将一些内容整理,并录制成视频,分享给大家。并起名为《R语言中文公开课》,所有的内容都会在百度云中分享。 别及时改正错误。http://yun.baidu.com/share/link?shareid=3608279111&uk=1292783730里面的内容会不断更新,但不保证定期。

2013-11-18 20:13:20 4524 4

原创 R语言-Knitr包的详细使用说明

R语言-Knitr包的详细使用说明by 扬眉剑 来自数盟【总舵】 群:3213114201.相关资料1:自动化报告-谢益辉 https://github.com/yihui/r-ninja/blob/master/11-auto-report.md2:knitr与可重复的统计研究(花絮篇) http://cos.name/2012/06/reproducible-res

2013-11-18 19:54:56 40146 1

原创 R 语言画图的基本参数

R 语言画图的基本参数点点的种类点的种类参数为 pch,每一种符号对应一个数字编号# 点有25种,为了展示25种点x = 1:25y = 1:25x## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23## [24] 24 25plot(x, x, pch = x)

2013-11-18 19:53:56 9902

原创 RStudio:R语言编辑器

RStudio:R语言编辑器四窗口左上:写代码,运行的方式是ctrl+Enter,或者用Run按钮10 + 15## [1] 25左下:终端,上面窗口的代码运行后会在这里显示,也可以直接在这里写代码右上:工作区,显示变量,还有一个历史记录右下:这个里面的有几个窗口,可以显示画的图a = c(1, 2, 3)b = c(4, 5, 6)plot(b, a)f

2013-11-18 19:52:51 7445

原创 perl Statistics::Descriptive Perl 的统计模块

use strict;use warnings;use Statistics::Descriptive;my @temp=qw/26 25 23 23 26 25 24 26 28 27 26 23 28 26 25 27 27 23 24 25/;my $stat = Statistics::Descriptive::Full->new();$stat->add_data(\@te

2013-09-22 21:27:12 7345

原创 R ->Rstudio->Vim->knitr最强R编辑器

从今天开始决定用Rstudio来代替vim来写R代码了。其实不是抛弃vim,因为Rsudio中有vim mode,这样还是有vim的方便,然后Rstudio有四个窗口,是好多大神都推荐的使用。并且还集合了knitr的包,能够生成自动化文档,真实十分的强大。从此写R成了一件非常快乐的事情。赞一下Rstudio。能加入vim mode的必然是精益求精的一个团队的杰作。1:根据 ht

2013-09-18 21:35:47 6039

原创 vim几款插件使用记录

vim几款插件使用记录Table of Contents1 前言2 Align对齐插件2.1 Tabular使用3 lookupfile.vim4 matchit.vim5 taglist.vim1 前言随着对vim的使用,逐渐对几个插件有了新的需求。所以在这里查了几个 插件,在以后写代码的过程中能够灵活运用。2 Align对

2013-09-16 09:14:38 1963

转载 Vim Plugin - Tabular 安裝

git clone https://github.com/godlygeek/tabular.gitcd tabular/mv after autoload doc plugin ~/.vim/vim ~/.vimrc # 於此檔案最末端加入下述View Raw Code?let mapleader=','if exists(":Tabulari

2013-09-16 08:45:24 3530

原创 Perl判断是否相等用==

切记,切记。。。。。不要写成=。

2013-09-14 10:50:34 8145 1

转载 windows下Emacs的安装与配置

windows下Emacs的安装与配置最近在学习windows下的Emacs,遇到不少问题,比如什么home目录啦,.emacs配置文件啦,.el文件啦,通过几天的反复琢磨,终于有所感悟。我想不仅是我,很多人都遇到过这些问题,现在就总结如下,以供有需要的朋友参考。1、下载到这个网址可以下载到Emacs的windows版本:http://ftp.gnu.org/pub/gnu/e

2013-09-14 09:19:55 1356

转载 Circos入门教程

Circos入门教程一定要第一时间将看到的东西,放在自己随时能找到的范围,自己的博客,空间内,以便于随时查阅2011年12月18日 ⁄ Bioinformatics ⁄ 评论数 2 ⁄ 被围观 1,697 views+安装前的一些准备Config::GeneralFile::BasenameFile::Spec

2013-09-12 21:25:17 8951 2

原创 酵母同义和非同义的snp的程序

use strict;use warnings;my $filename;my @filename;my $i;#氨基酸hashmy(%genetic_code) = ( 'TCA' => 'S', # Serine 'TCC' => 'S', # Serine 'TCG' => 'S', #

2013-09-02 18:37:32 2021

原创 酵母同义和非同义的snp的程序

use strict;use warnings;my $filename;my @filename;my $i;#氨基酸hashmy(%genetic_code) = ( 'TCA' => 'S', # Serine 'TCC' => 'S', # Serine 'TCG' => 'S', #

2013-09-02 18:36:02 2711

原创 Dnasp计算LD

Dnasp计算LDTable of Contents1 Dnasp 计算LD1 Dnasp 计算LDDnasp有很多的功能,现在主要来记录其计算LD的功能。 首先File——然后打开data——然后在Data中Format里设 置格式,也就是你读入的文件是什么样子的,进行一个 描述。我们这里选DNA,Haploid,然后OK,然后到Ana lysis找到

2013-09-01 21:09:11 2707

原创 win7问题解决,凭据管理器和无法访问,不允许一个用户使用一个以上用户名与服务器或共享资源进行多重连接。

WIN7凭据管理器,如果你用一个帐号远程登录以后在电脑中会记住这个信息,假如你想用另外的帐号,那么就到控制面板-凭据管理器里中进行修改或者删除。如果你登录以后提示,“无法访问。不允许一个用户使用一个以上用户名与服务器或共享资源的多重连接。。。。”那么在命令行中敲入net use * 、del然后重新连接就OK了

2013-08-30 17:03:39 4696

原创 Mega的简单使用

Table of Contents1 Mega画树的简单应用2 fas格式文件的准备3 用生成的.meg画树4 生出树的处理4.1 修改内容,添加标注4.2 导出4.3 后面随着学习的进行继续修改,增加。1 Mega画树的简单应用2 fas格式文件的准备首先我们要准备的就是fas的需要进行画树的序列。这个自己根据需要生成。 我们用me

2013-08-30 16:25:05 6676

原创 水稻基因命名

RGAP:基因命名法  在访问水稻基因组注解计划的FTP地址或网页上的模拟分子数据时,会见到其内部使用的术语,如TU和基因模块。这篇文章旨在解释此计划的命名法,并且将其与生物学家普遍使用的命名法联系起来。 转录单位: 一个转录单位相当于一个基因或模拟分子上的一个基因座。转录单元以一种精确的命名规则储存在数据库中,合适名字如:x.tyyyyy 。其中,x指的是BAC或模拟分子的收录编

2013-08-27 10:12:12 6654

原创 处理emacs-org模式TODO的一个脚本

处理前:处理后:able of Contents1 前言2 中文的处理2.1 vim相关2.2 perl 相关3 时间相关4 程序解析1 前言最近风帆问我一个问题,也就是处理org模式中的TODO。写一个脚本, 主要功能是未完成的按照“重要性”与“紧急性”进行分类。然后完成的 任务列

2013-08-25 15:07:13 1396

原创 一个最简单的计算器

use strict;use warnings;my ($i,@in,$sum,);for (1..1000){ chomp($i=<>); if ($i eq "quit") { exit; } else { $i=~m/([\d\s\.]+)(.)([\.\d\s]+)/; $in[0]=$1; $in[1]=$2; $in[2]=$3; if (

2013-08-24 09:58:23 2368

原创 Ubuntu安装使用记录(2013-07-30更新)

Ubuntu安装使用记录Table of Contents1 Ubuntu安装使用记录2 语言支持3 不需要软件的删除4 安装emacs 235 emacs 24的安装6 右键中的程序的添加和删除7 chromium的安装8 输入法8.1 设置切换和翻页9 git的安装10 安装gvim10.1 gvim 的配色方案10.2 gvim 的插件10.2

2013-07-30 16:45:14 1546

原创 Perl 多线程模块 Parallel::ForkManager

Perl 多线程模块 Parallel::ForkManager一个简单的并行处理模块。这个是用来对付循环的多线程处理。 放在循环前面。Table of Contents1 Synops内容简介1 Synops内容简介程序的格式如下:use Parallel::ForkManager;$pm = Parallel::ForkManager->

2013-07-27 14:11:39 4333

转载 走向并行系列之-使用ForkManager编写多进程程序

ForkManager下载地址:http://search.cpan.org/~dlux/Parallel-ForkManager-0.7.5/ForkManager.pmfork函数创建进程关于使用fork创建进程网上有很多优秀的实例,这里粘贴一例,演示新怎样创建一个新的进程:http://fuzhong1983.blog.163.com/blog/static/1684705201

2013-07-26 20:37:44 2209

转载 挑战无处不在

挑战无处不在2012年4月17日陈皓发表评论阅读评论25,185 人阅读    面试过一些应聘者,当我问到为什么换工作的时候,他们都会告诉我,现在的工作没有挑战,无聊,所以想换一个有挑战的工作。于是我问了一下他的工作情况,发现那些有挑战的东西他还没有搞懂。我总是为有这样的认识的朋友感到惋惜,因为我总是认为有挑战的东西无处不在啊,不能因为工作上没有,自己就放纵了自己。

2013-07-24 09:25:12 1199

转载 程序员的谎谬之言还是至理名言?

程序员的谎谬之言还是至理名言?2011年4月7日陈皓发表评论阅读评论28,111 人阅读    有朋友(网友never)在酷壳Coolshell.cn的留言版上问我,为什么关注了这很多的东西,我想我可以用下文来回答这位网友,因为我和作者的观点几乎一致。这篇文章由 ALAN SKORKIN写的 “The Greatest Developer Fallacy Or

2013-07-24 09:24:07 1224

perl-support模块修改\ii\io

perl-support 模版修改,\io \ii

2013-05-12

TeXmacs-chinese-fonts.tar.gz

输入中文的地方需要设置格式 如果全文是中文文档,可以选择菜单栏:Document->Language->Chinese 如果是部分文本需要设为中文,选择菜单栏:Format->Language->Chinese (也许不需要设置语言?例如, 最近版本, v1.0.7.19 在Ubuntu 12.10上,只要直接设置 Format -> Name -> CJK -> MicroHei 即可。) Trouble shooting: 官方的texmacs源版本依然比较旧,支持中文输入会有问题 而在Ubuntu上和Archlinux上的经验来看,最新的版本 v1.0.7.17 是没有问题的(v1.0.7.16都会存在问题)。而最新的版本需要源代码编译安装(可以在gitorious下载最新的.tar.gz包并解压缩)。 如果你看到的Chinese菜单项处于灰色不可用状态,说明没有安装TeXmacs没有找到合适的字体。 简单的解决办法是,下载fireflysung字体: http://www.study-area.org/apt/firefly-font/fireflysung-1.3.0.tar.gz 解压缩后,将其中的.ttf文件复制到 ~/.TeXmacs/fonts/truetype 目录下 之后命令行执行 texmacs --delete-font-cache 再次打开TeXmacs后,就应该看到菜单项已变为可用。

2013-04-28

GenomeAnalysisTK-2.2-15.tar.bz2

GATK的官方软件,因为要注册,所以放在这里,供大家下载使用!

2012-12-04

基因拼装软件stampy

序列拼装的经典软件,在linux下运行。

2012-11-26

U盘批量恢复

一个U盘文件的恢复程序,就这些功能了 以后再补充

2012-10-16

空空如也

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