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原创 GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出来给大家提供参考。一、BWA比对1.构建索引bwa index -a is example.fasta #构建索引 -a is算法 （BWT构造算法：bwtsw、is或rb2）2.进行比对bwa mem -t 6 -R '@RG\tID:foo\tPL:Illumina\tSM:example' example.fasta
2020-10-19 09:01:59
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原创 如何绘制简单漂亮的全基因组互作矩阵HiC matrix
使用HiCPro绘制全基因组互作矩阵为了图片的美观可以将挂载上的染色体先提取出来：genome.chr.fasta①使用bowtie2-build为基因组建立索引bowtie2-build genome.chr.fa genome ^基因组文件 ^产生的索引文件的前缀 ②产生酶切位点信息.bed文件digest_genome.py -r mboi -o genome_mboi.bed genome.chr.fa-r:HiC测序使用的酶 -
2022-02-15 17:13:50
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原创 基因组survey
几种做基因组survey的方法包括jellyfish、genomescope2.0、gce等软件1.jellyfish计算k-mer频率jellyfish count -C -m 21 -s 1000000000 -t 10 -o reads.jf *.fastq注意：jellyfish只支持未压缩的fasta格式和fastq格式####################################################### -s 内存
2021-10-26 20:33:52
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原创 GWAS全基因组关联分析：TASSEL 5.0 Windows版软件使用教程
TASSEL的官方网站：https://tassel.bitbucket.io/在TASSEL的下载文件夹中…\TASSEL5\TutorialData有示例数据 用此数据进行演示依次为基因型数据、亲缘关系、表现型数据（这里面包含了分群、表型性状、群体结构）、群体结构、表型性状。实际只用到基因型数据、群体结构、和表型性状。TASSEL是可以通过基因型数据计算亲缘关系的。一、加载数据点击File → Open将基因型数据、群体结构和表型性状导入进来。（mdp_genotype.hmp、mdp_p
2020-10-26 21:36:57
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空空如也
空空如也
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