推荐开源项目：jigv - 轻松分享和查看基因组数据的利器

于 2024-06-23 09:34:27 发布
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推荐开源项目：jigv - 轻松分享和查看基因组数据的利器

jigvigv.js standalone page generator and automatic configuration to view bam/cram/vcf/bed. "working in under 1 minute"项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ji/jigv

如果你在处理遗传学或生物学的数据分析，并希望以直观的方式与他人共享你的发现，那么jigv是一个不可多得的工具。它将复杂的基因型、排序数据和其他注解转化为可自包含的HTML页面，让没有原始数据访问权限的合作者也能快速浏览和分析。

项目介绍

jigv是基于igv.js的一个强大扩展，用于在单个HTML文件中嵌入所有关注的变体、对齐信息和其他注释数据。只需一个命令行指令，就可以将原始VCF、BAM或CRAM文件转换为独立的HTML文档，便于发送给协作伙伴。而且，这个文件还支持快捷键导航，使得在感兴趣的变异之间切换变得异常轻松。

项目技术分析

jigv通过以下方式实现其功能：

  1. 将变体、对齐和注解编码成单个HTML页面（或每个变体单独的JavaScript文件）。
  2. 利用VCF轨道进行导航，使用左右箭头键前进到下一个/上一个感兴趣的位置。
  3. 支持从Bed和VCF文件中添加额外的注解轨道。
  4. 如果提供了样本的家谱信息，还可以显示相关家庭成员的信息。

项目及技术应用场景

  1. 分析候选De Novo变异时，可以轻松地在网页中展示三联体样本的对齐数据。
  2. 在特定区域（例如BED文件中的区域）内查看多个样本的基因组数据。
  3. 对于无法直接访问数据存储集群的合作伙伴，提供一个包含所有必要数据的单页HTML视图。
  4. 可以创建自动化截图，为特定区域生成PNG图像，方便报告或演示。

项目特点

  • 高效性: 即使包含数千个变体，文件大小依然可控，确保快速加载和导航。
  • 自包含性: 所有数据都在单个HTML文件中，无需依赖外部服务器或文件。
  • 灵活性: 支持通过--prefix选项将每个区域的数据拆分为单独的JavaScript文件，以便按需加载。
  • 导航友好: 使用键盘快捷键进行变体间的无缝导航。
  • 简便的集成: 可以用JavaScript加载分段文件，允许本地或服务器上的按需加载。

jigv通过简化基因组数据的可视化和共享过程，为研究人员提供了一种强大的新工具。无论你是生物信息学家还是基因组科学家，这个开源项目都值得尝试。立即下载并开始探索你的数据世界吧！

jigvigv.js standalone page generator and automatic configuration to view bam/cram/vcf/bed. "working in under 1 minute"项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ji/jigv

邹澜鹤Gardener
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