conquer_comparison 项目使用教程

conquer_comparison 项目使用教程

conquer_comparison Code for evaluation of differential expression methods in single-cell RNA-seq data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/conquer_comparison

1、项目介绍

conquer_comparison 是一个用于评估单细胞RNA测序数据中差异表达分析方法的开源项目。该项目由 C Soneson 和 MD Robinson 开发，旨在提供一个公开的代码记录，用于他们在 Nature Methods 期刊上发表的论文《Bias, robustness and scalability in single-cell differential expression analysis》（2018年）中的分析。

该项目的主要目的是比较超过30种差异基因表达分析方法在单细胞RNA测序数据中的表现。通过该项目，用户可以浏览和分析这些方法的结果，并了解它们在不同数据集上的性能。

2、项目快速启动

2.1 克隆项目

首先，克隆 conquer_comparison 项目到本地：

git clone https://github.com/csoneson/conquer_comparison.git
cd conquer_comparison

2.2 安装依赖

确保你已经安装了所有必要的依赖包。项目中使用的软件和包版本在论文中有详细说明。你可以通过以下命令安装R包：

install.packages("package_name")

2.3 运行项目

在项目根目录下，运行以下命令来启动评估：

make

注意：这个过程可能需要较长时间，因为它会运行大量的方法和数据集。

3、应用案例和最佳实践

3.1 应用案例

conquer_comparison 项目的主要应用案例是评估不同差异表达分析方法在单细胞RNA测序数据中的性能。通过该项目，研究人员可以：

• 比较不同方法在不同数据集上的表现。
• 了解每种方法的偏差、鲁棒性和可扩展性。
• 选择最适合其研究需求的差异表达分析方法。

3.2 最佳实践

• 数据准备：确保所有数据集都以正确的格式提供，并放置在 data/ 目录中。
• 方法选择：根据研究需求选择合适的差异表达分析方法，并将其添加到 include_methods.mk 文件中。
• 结果分析：使用 shiny 应用程序浏览和分析结果，该应用程序可以通过 shiny/ 目录中的代码启动。

4、典型生态项目

conquer_comparison 项目与以下几个典型的生态项目相关：

• conquer 数据库：用于下载单细胞RNA测序数据集。
• R 语言：项目主要使用R语言进行数据分析和可视化。
• shiny 应用程序：用于结果的可视化和交互式浏览。

通过这些生态项目的结合使用，研究人员可以更全面地评估和选择差异表达分析方法。

conquer_comparison Code for evaluation of differential expression methods in single-cell RNA-seq data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/conquer_comparison