MolRep 项目安装与使用教程
1. 项目的目录结构及介绍
MolRep 项目的目录结构如下:
MolRep/
├── Examples/
│ ├── example.py
│ └── ...
├── ADMET-TOC.jpg
├── LICENSE
├── README.md
├── environment.yaml
├── install.sh
├── requirements.txt
├── setup.py
├── train.py
└── ...
目录结构介绍
- Examples/: 包含项目的示例代码文件。
- ADMET-TOC.jpg: 项目相关的图片文件。
- LICENSE: 项目的开源许可证文件。
- README.md: 项目的介绍和使用说明文件。
- environment.yaml: 项目的环境配置文件。
- install.sh: 项目的安装脚本。
- requirements.txt: 项目所需的依赖包列表。
- setup.py: 项目的安装配置文件。
- train.py: 项目的训练脚本。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动文件主要是 train.py
,该文件用于启动模型的训练过程。以下是 train.py
的基本介绍:
# train.py
# 导入必要的库
import os
import sys
import argparse
# 定义主函数
def main():
# 解析命令行参数
parser = argparse.ArgumentParser(description="MolRep Training Script")
parser.add_argument('--config', type=str, default='config.yaml', help='Path to the configuration file')
args = parser.parse_args()
# 加载配置文件
config = load_config(args.config)
# 初始化模型
model = init_model(config)
# 开始训练
train_model(model, config)
if __name__ == "__main__":
main()
启动文件介绍
- train.py: 该文件是项目的启动文件,负责加载配置、初始化模型并启动训练过程。
- 命令行参数: 通过
--config
参数指定配置文件的路径。 - 配置加载: 使用
load_config
函数加载配置文件。 - 模型初始化: 使用
init_model
函数初始化模型。 - 训练过程: 使用
train_model
函数开始模型的训练。
3. 项目的配置文件介绍
项目的配置文件主要是 environment.yaml
和 config.yaml
。以下是这两个文件的基本介绍:
environment.yaml
# environment.yaml
name: MolRep
channels:
- defaults
dependencies:
- python=3.8
- numpy
- pandas
- scikit-learn
- ...
config.yaml
# config.yaml
model:
type: "CNN"
layers: 5
activation: "relu"
training:
epochs: 100
batch_size: 32
learning_rate: 0.001
data:
path: "data/dataset.csv"
split: 0.8
配置文件介绍
- environment.yaml: 该文件定义了项目所需的环境依赖,包括 Python 版本和所需的库。
- config.yaml: 该文件定义了模型的配置参数,包括模型类型、训练参数和数据路径等。
通过以上步骤,您可以成功安装并启动 MolRep 项目,并根据配置文件进行模型的训练。