nf-core/fetchngs 项目使用教程

nf-core/fetchngs 项目使用教程

fetchngsPipeline to fetch metadata and raw FastQ files from public and private databases项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/fe/fetchngs

1. 项目的目录结构及介绍

nf-core/fetchngs/
├── conf/
│   ├── base.config
│   ├── custom.config
│   └── test.config
├── docs/
│   ├── CITATIONS.md
│   ├── output.md
│   └── usage.md
├── workflows/
│   ├── main.nf
│   └── nextflow.config
├── .github/
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   └── workflows/
├── .gitignore
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── LICENSE
├── README.md
├── nextflow.config
└── pyproject.toml

• conf/: 包含项目的配置文件，如 base.config, custom.config, test.config 等。
• docs/: 包含项目的文档文件，如 CITATIONS.md, output.md, usage.md 等。
• workflows/: 包含项目的主要工作流文件 main.nf 和 nextflow.config。
• .github/: 包含 GitHub 相关的配置文件和模板。
• .gitignore: Git 忽略文件。
• CODE_OF_CONDUCT.md: 项目的行为准则。
• LICENSE: 项目的许可证。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• nextflow.config: Nextflow 的主配置文件。
• pyproject.toml: Python 项目的配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 workflows/main.nf。这个文件是 Nextflow 工作流的主入口，包含了项目的核心逻辑和流程定义。

3. 项目的配置文件介绍

• nextflow.config: 这是 Nextflow 的主配置文件，包含了项目的全局配置，如参数定义、流程配置、资源配置等。
• conf/base.config: 基础配置文件，定义了项目的基本配置参数。
• conf/custom.config: 自定义配置文件，用户可以根据需要修改此文件以适应特定的运行环境。
• conf/test.config: 测试配置文件，用于测试环境下的配置参数。

以上是 nf-core/fetchngs 项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。

fetchngsPipeline to fetch metadata and raw FastQ files from public and private databases项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/fe/fetchngs