TAPE: 任务评估蛋白嵌入(Tasks Assessing Protein Embeddings)

TAPE: 任务评估蛋白嵌入(Tasks Assessing Protein Embeddings)

tape-neurips2019 Tasks Assessing Protein Embeddings (TAPE), a set of five biologically relevant semi-supervised learning tasks spread across different domains of protein biology. (DEPRECATED) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ta/tape-neurips2019

项目介绍

TAPE（Tasks Assessing Protein Embeddings）是一个基准测试套件，旨在评估蛋白质嵌入的生物相关性。这个项目在最初的论文中提出了一组五个跨越不同蛋白质生物学领域的半监督学习任务。它包括一个预训练语料库、五项监督下游任务、预训练的模型权重以及运行TAPE基准测试的代码。请注意，此仓库已弃用，请参考更新的PyTorch版本的TAPE。

特性:

• 五个生物任务: 包括二次结构预测、接触预测、远程同源性检测、荧光性和稳定性。
• 数据集: 提供压缩及未压缩的数据，支持TFRecord和JSON格式。
• 预训练模型: 支持多种模型结构的预训练权重，如LSTM、Transformer等。
• 可扩展: 允许用户加载自定义模型和任务，进行进一步研究。

项目快速启动

为了快速上手TAPE，你需要先安装依赖并下载必要的数据和模型权重。以下步骤基于Python环境操作：

安装TAPE

确保拥有适当的Python环境后，可以通过pip安装（考虑到这指向的是废弃的分支，实际操作应访问最新地址）：

# 实际操作时需找到项目的最新安装命令
# 示例（假设你找到了正确的安装指令）
pip install git+https://github.com/songlab-cal/tape-neurips2019.git@master

下载数据和预训练模型

接下来，运行脚本以获取数据和模型：

# 下载数据
./download_data.sh

# 下载预训练模型
./download_pretrained_models.sh

运行示例任务

以Transformer模型执行masked language modeling任务为例：

# 使用Sacred配置运行
tape run model=transformer tasks=masked_language_modeling

应用案例和最佳实践

对于二次结构预测，你可以采用如下方式配置并运行任务：

# 配置特定参数
tape run model=lstm tasks=secondary_structure training.batch_size=32

最佳实践建议：

• 调整batch_size和learning_rate来优化训练效率和性能。
• 利用GPU加速训练过程通过设置--gpu.
• 对于复杂任务，考虑预热期（warm-up steps）和学习率衰减策略。

典型生态项目

虽然该项目自身即是围绕蛋白嵌入的应用生态核心，但社区可能会发展出基于TAPE模型进行药物发现、蛋白质设计等衍生应用。开发者可以将自己的研究成果贡献回社区，或者利用TAPE作为基础工具开发更加专业的蛋白质分析工具。

注意：TAPE作为一个研究工具，其应用实例往往体现在学术论文和生物科技应用中，开发者可以根据自身需求，结合蛋白质科学知识，探索新的应用案例。

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以上内容构成了基于TAPE项目的简单入门和概览。实践中，开发者应详细阅读项目文档，了解每个任务的具体实现细节及模型的具体调参方法，以充分挖掘TAPE的潜力。

tape-neurips2019 Tasks Assessing Protein Embeddings (TAPE), a set of five biologically relevant semi-supervised learning tasks spread across different domains of protein biology. (DEPRECATED) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ta/tape-neurips2019