PyMC 项目教程
pymc Python 中的贝叶斯建模和概率编程。 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pymc
1. 项目介绍
PyMC(原名 PyMC3)是一个用于贝叶斯统计建模的 Python 包,专注于高级马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)和变分推断(VI)算法。其灵活性和可扩展性使其适用于大量问题。PyMC 提供了直观的模型指定语法,例如 x ~ N(0, 1)
可以翻译为 x = Normal('x', 0, 1)
。此外,PyMC 依赖于 PyTensor,提供了计算优化和动态 C 或 JAX 编译、NumPy 广播和高级索引、线性代数运算符等功能。
2. 项目快速启动
安装 PyMC
首先,确保你已经安装了 Python 环境。然后,使用以下命令安装 PyMC:
pip install pymc
快速示例:线性回归
以下是一个简单的线性回归示例,展示了如何使用 PyMC 进行贝叶斯建模。
import pymc as pm
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
# 生成模拟数据
np.random.seed(42)
X = np.random.randn(100, 1)
true_beta = 2.5
true_sigma = 0.5
y = true_beta * X + np.random.normal(0, true_sigma, size=X.shape)
# 定义模型
with pm.Model() as model:
# 定义先验
beta = pm.Normal('beta', mu=0, sigma=10)
sigma = pm.HalfNormal('sigma', sigma=1)
# 定义似然
likelihood = pm.Normal('y', mu=beta * X, sigma=sigma, observed=y)
# 采样
trace = pm.sample(2000, tune=1000, cores=1)
# 绘制结果
pm.plot_trace(trace)
plt.show()
3. 应用案例和最佳实践
应用案例:植物生长预测
假设我们进行了一项实验,以预测植物生长受不同环境变量的影响。以下是一个使用 PyMC 进行贝叶斯建模的示例。
import pymc as pm
import numpy as np
# 生成模拟数据
np.random.seed(42)
X = np.random.randn(100, 3) # 3个环境变量:阳光小时、水量、土壤氮含量
true_betas = [5, 20, 2]
true_sigma = 0.5
y = np.dot(X, true_betas) + np.random.normal(0, true_sigma, size=X.shape[0])
# 定义模型
with pm.Model() as model:
# 定义先验
betas = pm.Normal('betas', mu=0, sigma=10, shape=3)
sigma = pm.HalfNormal('sigma', sigma=1)
# 定义似然
likelihood = pm.Normal('y', mu=pm.math.dot(X, betas), sigma=sigma, observed=y)
# 采样
trace = pm.sample(2000, tune=1000, cores=1)
# 查看结果
pm.summary(trace).round(2)
最佳实践
- 先验选择:选择合适的先验分布对于模型的性能至关重要。建议使用领域知识或先验实验数据来选择先验。
- 模型验证:使用后验预测检查(PPC)来验证模型的拟合效果。
- 计算资源:对于复杂模型,考虑使用 GPU 加速或分布式计算。
4. 典型生态项目
PyTensor
PyTensor 是 PyMC 的核心依赖库,提供了计算优化和动态编译功能。它类似于 Theano,但更加灵活和易于使用。
ArviZ
ArviZ 是一个用于贝叶斯后验分析的 Python 库,提供了丰富的可视化和统计工具,与 PyMC 无缝集成。
Bambi
Bambi 是一个用于贝叶斯回归模型的 Python 库,简化了复杂模型的构建和推断过程。
通过这些生态项目,PyMC 提供了强大的工具链,帮助用户更高效地进行贝叶斯建模和推断。
pymc Python 中的贝叶斯建模和概率编程。 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pymc