探索基因组数据的利器：iSEE

探索基因组数据的利器：iSEE

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项目介绍

iSEE 是一个交互式的 SummarizedExperiment 探索者，专门设计用于探索和可视化生物信息学中的复杂数据，特别是单细胞数据分析中的 SingleCellExperiment 对象。这个强大的工具基于 R 语言的 Shiny 框架，提供了一个多面板界面，使得对高维生物数据的探索变得直观而高效。

项目技术分析

iSEE 的核心特性在于其灵活的数据可视化和交互功能。它支持多种类型的互动图，如降维散点图、自适应的元数据柱状图和平行坐标图等。此外，还有功能强大的表格组件，可以展示样本或特征的详细信息。用户可以通过选择、缩放甚至使用语音命令来控制界面，实现数据的筛选与聚焦。

项目特别关注用户体验，提供了代码跟踪功能，用户可以直接复制并粘贴到自己的 R 脚本中，进一步定制和重用。通过集成的 ShinyAce 文本编辑器，用户可以看到所有可视化的 R 代码。

应用场景

在生物信息学研究中，尤其对于单细胞转录组分析，iSEE 可以：

1. 快速可视化大量样本的高维表达数据，帮助研究人员发现潜在的模式和趋势。
2. 审查和比较不同样本或基因之间的关系，揭示可能的生物学关联。
3. 在整合视图中展示样本和特征信息，如复杂热力图，为复杂数据集提供综合视角。
4. 作为共享平台，让团队成员或合作方能够远程查看和分析预处理数据。

项目特点

• 易用性：iSEE 提供了直观的用户界面，无需编程背景即可操作。
• 高度交互性：数据点可选中、颜色可随条件变化，允许复杂的点选择和区域缩放。
• 自适应绘图：根据数据类型自动调整图例样式，如散点、箱线图或直方图。
• 扩展性强：开发者可通过创建独立的 R 包定义自定义面板，拓展 iSEE 功能。
• 语音识别：独特的语音控制功能，让数据探索更加便捷。

要体验 iSEE，您可以访问已部署的实例，例如 Mainz 大学提供的服务器 或剑桥大学的癌症研究所实例。

iSEE 的目标是让生物信息学家和数据科学家更好地理解和解释他们的实验结果，从而推动科研的进步。我们鼓励所有感兴趣的人参与其中，无论你是新用户还是开发者，都能在这个项目中找到属于自己的价值。

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