推荐开源项目：深度植物表型学（Deep Plant Phenomics）

推荐开源项目：深度植物表型学（Deep Plant Phenomics）

虽然这个项目已经不再活跃维护，但作为一个历史资源，它仍然可以为那些对植物科学和深度学习交叉领域的研究者提供宝贵参考。Deep Plant Phenomics（简称DPP）是一个专为植物科学家设计的平台，利用深度学习进行植物表型分析，可与Keras相媲美。

项目介绍

DPP基于Tensorflow构建，能够支持CPU和GPU，并能轻松扩展到多个设备。其文档提供了教程和示例，帮助用户快速上手。此外，该项目还有一篇相关的学术论文可供查阅，它由加拿大萨斯喀彻温大学的植物表型与成像研究中心（P2IRC）维护。

项目技术分析

深度学习是DPP的核心，包括卷积神经网络（CNN）等各类技术，这些技术在图像识别任务中处于领先地位，如图像分类、物体检测与定位、图像分割等。DPP提供了一系列预训练的神经网络工具，以及方便的数据加载机制，使得用户可以轻松地利用自己的数据训练自定义模型。

应用场景

1. 植物表型分析：例如，通过调用tools.predict_rosette_leaf_count(my_files)，你可以利用预先训练的CNN计算每个拟叶轮植物的叶子数量。
2. 定制模型训练：你可以简单地使用几行代码训练一个CNN，用于评估植物的生物胁迫等级。

项目特点

1. 预训练网络：内置多种适用于常见植物表型任务的预训练模型。
2. 灵活的数据加载：支持多种数据集加载器，适应不同格式的数据。
3. 功能丰富：提供语义分割、对象检测、密度估计（用于对象计数）、分类和回归任务的支持。
4. 可视化：集成Tensorboard以可视化训练过程。
5. API友好：易于构建新模型，提供预定义的模型架构、数据增强选项、神经网络层等。
6. 模型部署：简便地将你的模型部署为Python函数。

使用示例

以下是一个简单的回归模型训练例子：

import deepplantphenomics as dpp

model = dpp.RegressionModel(debug=True)

# 3个通道用于彩色，1个通道用于灰度
channels = 3

# 设置和超参数
model.set_batch_size(64)
model.set_image_dimensions(256, 256, channels)
model.set_maximum_training_epochs(25)
model.set_test_split(0.2)
model.set_validation_split(0.0)

# 从CSV加载图像和标签
model.load_multiple_labels_from_csv('./data/my_labels.csv')
model.load_images_with_ids_from_directory('./data')

# 使用预定义模型
model.use_predefined_model('vgg-16')

# 开始训练！
model.begin_training()

安装

只需两步即可安装：

1. git clone https://github.com/p2irc/deepplantphenomics.git
2. pip install ./deepplantphenomics

请注意，该包现在要求Python 3.6或更高版本，不再支持Python 2.7。

即使该项目不再更新，但对于那些想要探索植物科学与AI结合的人来说，这仍然是一个值得挖掘的宝库。无论是为了学习，还是进行相关研究，Deep Plant Phenomics都值得一试。