nf-core/nanoseq — 打开纳米孔DNA/RNA测序数据分析的新篇章！-CSDN博客

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nf-core/nanoseq — 打开纳米孔DNA/RNA测序数据分析的新篇章！

nanoseqNanopore demultiplexing, QC and alignment pipeline项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/na/nanoseq

在这个高度信息化的时代，生物数据的处理和分析成为了科学研究的重要一环。nf-core/nanoseq是专为纳米孔DNA/RNA测序数据设计的一款强大的生物信息学分析流水线，旨在为您提供从基础到深入研究的一站式解决方案。

项目介绍

nf-core/nanoseq基于先进的Nextflow工作流工具构建，确保了在各种计算基础设施上的高可移植性和结果的可重复性。这个流水线不仅提供了基础的测序质量控制（QC）、对齐和下游分析功能，还特别关注了DNA和RNA特定的深度分析，如变异检测、转录本重构和差异表达分析等。

项目技术分析

利用诸如qcat（demultiplexing）、NanoLyse（raw read cleaning）、NanoPlot和FastQC（raw read QC）这样的工具，nf-core/nanoseq确保了数据预处理的质量。然后，通过高效的对齐器GraphMap2或minimap2进行序列对齐，支持单样本或多参考基因组映射。此外，它还包括DNA变异分析（如medaka、deepvariant和pepper_margin_deepvariant），以及RNA相关分析（例如bambu、StringTie2、DEXSeq和DESeq2）。

功能亮点

多平台兼容性：nf-core/nanoseq可在Docker、Singularity、Podman、Shifter和Charliecloud等多种容器环境下运行，确保了跨系统的无缝兼容。
模块化设计：采用Nextflow DSL2，每个过程在一个单独的容器中执行，易于维护和更新软件依赖项。
全面测试：在每个版本发布时，都会在真实的AWS云环境中，以全尺寸的数据集运行自动化测试，确保结果的可靠性和稳定性。
灵活的配置选项：支持多种配置文件，适应不同研究所的环境和需求，包括针对特定机构的配置。