PheWeb 项目使用指南

PheWeb 项目使用指南

pheweb A tool to build a website to browse hundreds or thousands of GWAS. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/pheweb

1. 项目介绍

PheWeb 是一个用于构建网站以浏览数百或数千个全基因组关联研究（GWAS）结果的工具。它旨在帮助研究人员轻松地可视化和探索大规模的遗传关联数据。PheWeb 提供了丰富的功能，包括数据加载、处理、可视化以及网站部署等，使得用户能够快速构建一个功能齐全的 GWAS 数据浏览平台。

2. 项目快速启动

2.1 安装 PheWeb

首先，确保你已经安装了 Python 3。然后，通过 pip 安装 PheWeb：

pip3 install pheweb

如果安装过程中遇到问题，可以参考详细的安装说明。

2.2 创建数据目录和配置文件

创建一个新的目录来存储你的数据，并进入该目录：

mkdir ~/my-new-pheweb && cd ~/my-new-pheweb

在该目录下创建一个 config.py 文件，并设置必要的配置参数。例如，设置参考基因组版本：

hg_build_number = 38

2.3 检查 GWAS 数据文件

确保你的 GWAS 数据文件符合 PheWeb 的要求。每个表型需要一个文件，文件格式可以是常见的 GWAS 文件格式（如 tab、space 或 comma 分隔）。文件需要包含以下列：

• 染色体 (chrom)
• 位置 (pos)
• 参考等位基因 (ref)
• 替代等位基因 (alt)
• p 值 (pval)

2.4 创建表型列表

在数据目录中创建一个名为 pheno-list.json 的文件，列出所有的表型及其关联文件路径：

[
  {
    "assoc_files": ["/home/peter/data/ear-length.gz"],
    "phenocode": "ear-length"
  },
  {
    "assoc_files": ["/home/peter/data/a1c_X.gz", "/home/peter/data/a1c_autosomal.gz"],
    "phenocode": "A1C"
  }
]

2.5 加载关联文件

运行以下命令加载关联文件：

pheweb process

2.6 启动网站

最后，启动 PheWeb 网站：

pheweb serve --open

该命令会启动一个本地服务器，并在浏览器中打开你的 PheWeb 网站。

3. 应用案例和最佳实践

PheWeb 已被广泛应用于多个大规模 GWAS 数据集的可视化和探索。例如，UK Biobank 和 TOPMed 项目都使用了 PheWeb 来展示其数据。通过 PheWeb，研究人员可以快速发现和分析遗传关联，从而加速科学发现。

4. 典型生态项目

PheWeb 作为一个开源项目，与其他遗传学和数据科学工具紧密集成。例如，它可以与 VEP（Variant Effect Predictor）工具结合，提供更丰富的注释信息。此外，PheWeb 还支持与 Apache2 或 Nginx 等 Web 服务器集成，以便在生产环境中部署。

通过这些集成，PheWeb 不仅能够提供强大的数据可视化功能，还能与其他工具协同工作，构建一个完整的遗传数据分析生态系统。

pheweb A tool to build a website to browse hundreds or thousands of GWAS. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/pheweb