GoodVibes 开源项目教程

GoodVibes 开源项目教程

GoodVibes Calculate quasi-harmonic free energies from Gaussian output files with temperature and other corrections 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/go/GoodVibes

1. 项目介绍

GoodVibes 是一个用于从 Gaussian 输出文件中计算准谐自由能的 Python 程序。它自 2015 年以来被多个研究小组使用，主要用于修正低频振动在刚性转子谐振子处理中的不良描述。当前版本包括在可变温度/浓度下的热化学计算、各种准谐熵和焓方案、自动检测频率缩放因子、D3 色散校正计算、玻尔兹曼平均、重复构象检测、能量曲线的自动制表和绘图，以及错误检查等功能。

该项目由 Robert Paton、Ignacio Funes-Ardoiz 和 Paton 研究小组的成员开发，主要贡献者包括 Guilian Luchini、Juan V. Alegre-Requena 和 Yanfei Guan。

2. 项目快速启动

安装

GoodVibes 可以通过 pip 或 conda 进行安装：

# 使用 pip 安装
pip install goodvibes

# 使用 conda 安装
conda install -c patonlab goodvibes

使用示例

以下是一个简单的使用示例，假设你已经有一个 Gaussian 输出文件 example.log：

python -m goodvibes example.log

常用选项

• -q：启用准谐校正。
• --qs grimme/truhlar：选择准谐熵校正方法。
• --qh：选择准谐焓校正方法。
• -f cutoff_freq：设置频率截止值（单位：波数）。
• -t temperature：设置温度（单位：开尔文）。
• -c concentration：设置浓度（单位：mol/l）。

更多选项可以通过 -h 查看帮助信息。

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

GoodVibes 广泛应用于计算化学领域，特别是在热化学数据的计算和校正中。例如，在研究分子的热力学性质时，GoodVibes 可以帮助研究人员准确计算不同温度和浓度下的自由能、熵和焓。

最佳实践

1. 选择合适的频率缩放因子：GoodVibes 会自动检测计算中使用的理论水平和基组，并应用相应的频率缩放因子。确保你的计算设置与 Truhlar 组数据库中的数据匹配。

2. 准谐校正：根据研究需求选择合适的准谐校正方法。对于低频振动，建议使用 Grimme 或 Truhlar 的方法进行校正。

3. 温度和浓度设置：在实际应用中，根据实验条件设置合适的温度和浓度，以确保计算结果的准确性。

4. 典型生态项目

GoodVibes 作为一个计算化学工具，通常与其他计算化学软件和工具结合使用，形成一个完整的计算化学生态系统。以下是一些典型的生态项目：

1. Gaussian：GoodVibes 主要用于处理 Gaussian 输出文件，因此 Gaussian 是其核心生态项目之一。

2. ORCA：ORCA 是另一个常用的量子化学计算软件，GoodVibes 可以处理 ORCA 的输出文件，扩展其应用范围。

3. ASE (Atomic Simulation Environment)：ASE 是一个用于原子模拟的 Python 库，可以与 GoodVibes 结合使用，进行更复杂的热化学计算。

4. PySCF：PySCF 是一个用于量子化学计算的 Python 库，可以与 GoodVibes 结合使用，进行更高级的量子化学计算。

通过这些生态项目的结合，GoodVibes 可以在更广泛的计算化学研究中发挥作用。

GoodVibes Calculate quasi-harmonic free energies from Gaussian output files with temperature and other corrections 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/go/GoodVibes