DoRothEA 项目使用教程

DoRothEA 项目使用教程

dorothea R package to access DoRothEA's regulons 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/do/dorothea

1. 项目目录结构及介绍

DoRothEA 项目的目录结构如下：

dorothea/
├── data/
├── inst/
├── man/
├── tests/
├── vignettes/
├── Rbuildignore
├── gitignore
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── NAMESPACE
├── NEWS.md
├── README.md
├── _pkgdown.yml
├── codecov.yml

目录介绍：

• data/: 存放项目的数据文件。
• inst/: 存放项目的安装文件。
• man/: 存放项目的帮助文档。
• tests/: 存放项目的测试文件。
• vignettes/: 存放项目的长篇文档和教程。
• Rbuildignore: 指定在构建包时忽略的文件。
• gitignore: 指定在 Git 版本控制中忽略的文件。
• DESCRIPTION: 项目的描述文件，包含包的元数据。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• NAMESPACE: 项目的命名空间文件，定义导出的函数和导入的包。
• NEWS.md: 项目的更新日志。
• README.md: 项目的自述文件，包含项目的基本信息和使用说明。
• _pkgdown.yml: 配置文件，用于生成项目的文档网站。
• codecov.yml: 配置文件，用于代码覆盖率测试。

2. 项目启动文件介绍

DoRothEA 项目没有明确的“启动文件”，因为它是一个 R 包，通常通过 R 或 RStudio 加载和使用。要启动和使用 DoRothEA，可以按照以下步骤操作：

1. 安装 R 和 RStudio（如果尚未安装）。
2. 打开 RStudio。
3. 在 R 控制台中运行以下命令安装 DoRothEA：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("dorothea")

4. 安装完成后，可以通过以下命令加载 DoRothEA：

library(dorothea)

3. 项目的配置文件介绍

DoRothEA 项目中有几个重要的配置文件：

3.1 DESCRIPTION

DESCRIPTION 文件包含项目的元数据，如包的名称、版本、作者、依赖关系等。以下是一个示例：

Package: dorothea
Version: 1.0.0
Title: R package to access DoRothEA's regulons
Description: DoRothEA is a gene regulatory network (GRN) containing signed transcription factor (TF) - target gene interactions.
License: GPL-3
Authors@R: c(person("Author", "Name", email = "author@example.com", role = c("aut", "cre")))
Depends: R (>= 3.5.0)
Imports: BiocManager

3.2 NAMESPACE

NAMESPACE 文件定义了包的命名空间，包括导出的函数和导入的包。以下是一个示例：

export(dorothea_regulons)
import(BiocManager)

3.3 _pkgdown.yml

_pkgdown.yml 文件用于配置生成项目文档网站的选项。以下是一个示例：

template:
  bootstrap: 4
  params:
    bootswatch: cerulean

3.4 codecov.yml

codecov.yml 文件用于配置代码覆盖率测试的选项。以下是一个示例：

coverage:
  status:
    project:
      default:
        target: auto
        threshold: 1%

通过以上配置文件，可以定制 DoRothEA 项目的文档生成和测试流程。

dorothea R package to access DoRothEA's regulons 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/do/dorothea