CaImAn-MATLAB 开源项目使用教程-CSDN博客

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CaImAn-MATLAB 开源项目使用教程

CaImAn-MATLAB Complete Matlab pipeline for large scale calcium imaging data analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ca/CaImAn-MATLAB

1. 项目介绍

CaImAn-MATLAB 是一个用于大规模钙成像数据分析的计算工具箱。该项目实现了 CNMF（Constrained Nonnegative Matrix Factorization）算法，用于从大规模钙成像电影中同时提取源和推断尖峰。CaImAn-MATLAB 适用于分析体成像数据，并包含许多其他功能。

主要功能

源提取：基于约束非负矩阵分解（CNMF）分离不同的源。
尖峰推断：使用约束 foopsi 方法从荧光轨迹中推断神经活动。
运动校正：使用 NoRMCorre 算法进行快速可并行的非刚性运动校正。

项目状态

该项目已不再维护，但仍可作为历史档案使用。

2. 项目快速启动

环境准备

确保已安装以下 MATLAB 工具箱：

Statistics and Machine Learning Toolbox
Image processing toolbox

快速启动代码

以下是一个简单的示例代码，展示如何使用 CaImAn-MATLAB 进行数据分析：

% 加载数据
data = loadtiff('demoMovie.tif');

% 初始化参数
params = CNMFSetParms();

% 运行 CNMF 算法
[A, C, b, f, S, P] = run_CNMF_patches(data, params);

% 显示结果
figure;
imagesc(A);
title('提取的源');