dicom2stl:从DICOM到STL的高效转换工具

dicom2stl:从DICOM到STL的高效转换工具

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项目介绍

dicom2stl 是一个由David T. Chen开发的Python脚本,它能够将DICOM系列图像转换为STL(立体光刻)表面网格文件。这个工具尤其适用于医学成像领域,帮助研究人员和专业人士快速处理医学扫描数据,将其转化为3D模型。

项目技术分析

dicom2stl 使用了几个强大的第三方库:

  1. SimpleITK:用于读取、处理和转换医学影像数据。
  2. SimpleITKUtilities:提供额外的工具支持SimpleITK。
  3. VTK(Visualization Toolkit):用于生成三维表面网格并进行后处理操作。
  4. pydicom:专门用于解析和操作DICOM文件。

脚本执行的主要流程包括图像的缩放、平滑处理、阈值分割、中值滤波、边界填充等步骤,并最终通过VTK生成STL文件。同时,提供了针对不同组织类型的预设阈值以及可定制的参数,如平滑度和网格简化程度。

应用场景

dicom2stl 在以下场景中尤为有用:

  1. 医学研究:将CT或MRI扫描结果直接转化为3D模型,以更好地理解和解释患者疾病的形态。
  2. 医疗教育与培训:直观地展示解剖结构,提高学习效果。
  3. 3D打印:生成逼真的器官模型,用于手术模拟或康复治疗的物理模型制作。
  4. 个性化医疗器械设计:基于个体的精确解剖数据创建定制化的医疗设备。

项目特点

  • 简单易用:只需一条命令即可完成转换,支持直接处理ZIP文件或目录中的多幅DICOM图像。
  • 灵活性:允许自定义阈值、平滑和简化程度,适应各种成像条件。
  • 兼容性:不仅能处理DICOM文件,还支持其他多种图像格式。
  • 交互式体验:提供Jupyter Notebook示例,通过Binder服务可以在线探索和运行代码。

要开始使用dicom2stl,安装所有依赖包后,只需在命令行输入相应的选项和参数即可。例如,提取骨组织的STL模型,只需运行:

python dicom2stl.py -t bone -o bone.stl dicom.zip

如此简洁且功能强大的工具,无疑对任何需要从DICOM数据中获取3D模型的用户提供了一个高效的解决方案。立即尝试dicom2stl,开启您的3D医学成像之旅吧!

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软件介绍: DcmTransform是一款专用的医学格式转换器,于对符合DICOM 3.0标准的医学图像文件。软件首先对DICOM文件中的数据进行解析,并将其以图像的样式显示。图像显示后,用户可以自定义地调节医学图像的窗位窗宽。由于医学图像数据的像素变化范围通常为0-4095或0-1023,不同于传统图像文件的0-255。而计算机所能显示的黑白像素范围是0-255,所以需要对医学图像进行像素值的映射处理,即调节医学图像的窗位窗宽。调节操作的作用在于改变显示图像的明暗度对比度。当用户调节好医学图像的窗位窗宽后,即可以对医学图像文件进行格式转化。转化的文件格式可设为BMP格式和JPG格式。用户亦可以根据自己的需要设置转化图像的属性信息,如图像的质量,大小。对于CT,MRI断层图像来说,通常拍摄得到的是一系列DICOM文件,该系列文件通常在同一个文件夹目录下。对于某一系列文件,由于拍摄中设备参数设置不变,其像素的变化范围,图像的明暗度饱和度基本相同,所以在图像转化操作中,用户可以调节好窗位窗宽后,一次性的将系列文件全部转化。对于DSA血管减影造影图像,也是需要拍摄一系列的图像,该系列图像通常保存在同一DICOM文件中。它借助计算机对血管造影图像进行数字图像处理,以消除背景的干扰,突出医生感兴趣的血管部分的信息。医学关心的并不是原始拍摄的图像信息,而是减影成像后的图像。所以本软件即可以将原始图像数据转化成普通图像文件,也可以转化减影成像后的图像。DICOM文件是按照DICOM标准存储的医学文件,它不仅可以用来封装各种医学图像,也可以封装其它医学信息,如病人姓名,性别,拍摄单位、设备参数等。这类资料保存在DICOM文件的文件头中,DICOM文件头包含了标识数据集合的相关信息。DICOM文件一般由1个DICOM文件头和1个DICOM数据集合组成。在对DICOM文件处理过程序中,亦需要对其文件头进行解析,得到图像的相关信息。本软件可以将解析后的文件头保存为TXT文本文件,以便于查看。本软件还为用户提供了普通图像文件浏览的功能,以便于用户转化完DICOM文件后,查看转化效果。图像浏览时,先列出所有转化后图像的缩略图,用户点击任意一幅缩略图即可打开该图像。
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