Med-DDPM开源项目使用教程

Med-DDPM开源项目使用教程

med-ddpm 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/me/med-ddpm

1. 项目介绍

Med-DDPM 是一个基于 PyTorch 的开源项目，它实现了用于生成语义 3D 脑部 MRI 图像的条件扩散模型。该模型能够在保持图像质量的同时，生成具有语义信息的医学图像。项目专注于全头 MRI 和脑提取的 4 种模态 MRI（T1、T1ce、T2、Flair）的合成，已在 BraTS2021 数据集上进行了训练。

2. 项目快速启动

环境准备

确保您的系统中安装了以下依赖库：

• Torchio
• Nibabel

可以使用以下命令安装：

pip install -r requirements.txt

训练模型

根据您要训练的 MRI 类型，运行相应的训练脚本：

• 全头 MRI 合成：

./scripts/train.sh

• 4 模态 MRI 合成（BraTS2021）：

./scripts/train_brats.sh

生成图像

生成图像的步骤如下：

• 设置学习权重文件路径：

--weightfile [权重文件路径]

• 指定输入掩码文件：

--inputfolder [掩码文件夹路径]

• 全头 MRI 合成：

./scripts/sample.sh

• 4 模态 MRI 合成（BraTS2021）：

./scripts/sample_brats.sh

3. 应用案例和最佳实践

在实际应用中，Med-DDPM 可用于医学图像的合成和分析。以下是一些应用案例和最佳实践：

• 使用 BraTS2021 数据集进行 4 模态 MRI 的合成。
• 修改 dataset.py 中的 read_image 函数以支持其他图像格式。
• 如果您的数据集包含超过 3 个分割标签类别，请更新 train.py、datasets.py 和 utils/dtypes.py 中的通道配置。

4. 典型生态项目

Med-DDPM 项目的生态中，以下是一些典型的相关项目：

• denoising-diffusion-pytorch: 一个用于去噪扩散模型的 PyTorch 实现。
• guided-diffusion: 一个用于引导扩散模型的实现。

在使用这些项目时，请确保遵循相应的使用指南和协议。

med-ddpm 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/me/med-ddpm