推荐开源项目:Breast Cancer Semantic Segmentation (BCSS) 数据集

推荐开源项目:Breast Cancer Semantic Segmentation (BCSS) 数据集

项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bc/BCSS

该项目提供了一套全面的数据和工具,用于研究乳腺癌组织学图像的语义分割任务,是基于Amgad等人在2019年发表的学术论文中的数据。该数据集可以在一个公开的Digital Slide Archive实例中查看,并且包含了详细的注解结果。

项目介绍

Breast Cancer Semantic Segmentation (BCSS)数据集是一个专门针对乳腺癌病理图像的语义分割资源。它包括了像素级标注的图像,每个像素值代表了特定的组织区域类别。此外,还提供了对应的RGB图像,以及下载和处理这些数据的命令行脚本。这个数据集的设计目标是促进和推动深度学习在病理图像分析领域的应用。

项目技术分析

BCSS数据集使用的是一种像素级别的分类方法,通过.png图像来表示每个区域的类别。数据集中的每个文件名都编码了对应图像在TCGA切片中的位置信息,使得从原始扫描图像中提取RGB图像变得简单。项目提供的脚本使用Python库(如girder_client、Pillow、numpy等)进行下载和配置,允许用户灵活地选择所需的元素(如JSON注解、掩模或RGB图像),并设置分辨率参数。

项目及技术应用场景

这个数据集主要用于训练和评估计算机视觉模型,特别是那些致力于癌症诊断和研究的模型。它可以被应用于以下场景:

  1. 医疗辅助决策支持系统,帮助医生识别和定位肿瘤区域。
  2. 深度学习算法的开发,比如卷积神经网络(CNN),以自动进行组织结构分割。
  3. 病理学研究,量化不同类型的细胞或组织结构的分布。

项目特点

  • 多样化: 包含多类别的乳腺癌组织图像,为复杂的语义分割任务提供了丰富素材。
  • 灵活性: 可以选择下载不同分辨率的RGB图像和掩模,适应不同的计算资源和需求。
  • 易用性: 提供的命令行脚本简化了数据下载和预处理流程,用户可轻松获取并处理数据。
  • 开放源代码: 项目代码遵循MIT许可证,鼓励社区参与和改进。
  • 引用透明: 数据集采用CC0 1.0通用公共领域弃权声明,鼓励共享与合作,同时也期望用户在使用时引用相关论文。

总的来说,Breast Cancer Semantic Segmentation (BCSS)数据集是一个强大的工具,对于任何想要在医疗成像尤其是乳腺癌分析领域推进AI研究的人来说,都是不可或缺的资源。立即尝试,开启你的研究之旅吧!

BCSS Use this to download all elements of the BCSS dataset described in: Amgad M, Elfandy H, ..., Gutman DA, Cooper LAD. Structured crowdsourcing enables convolutional segmentation of histology images. Bioinformatics. 2019. doi: 10.1093/bioinformatics/btz083 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bc/BCSS

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