DANCE 开源项目使用教程

DANCE 开源项目使用教程

dance DANCE: A Deep Learning Library and Benchmark Platform for Single-Cell Analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/dan/dance

1. 项目介绍

DANCE 是一个用于单细胞分析的深度学习库和基准平台。它旨在构建一个深度学习社区和基准平台，用于计算模型在单细胞分析中的应用。DANCE 目前包含三个模块：单模态分析、单细胞多模态组学和空间转录组学。

2. 项目快速启动

安装 DANCE

DANCE 提供了自动安装脚本，简化了安装过程。假设用户已经安装了 conda，可以通过以下步骤快速安装 DANCE：

# 克隆仓库
git clone https://github.com/OmicsML/dance.git && cd dance

# 运行自动安装脚本，安装 DANCE 及其依赖
source install.sh cu118 dance-env

运行示例

安装完成后，可以运行一个示例来验证安装是否成功。以下是一个简单的示例，使用 scDeepSort 进行细胞类型注释：

# 进入示例目录
cd examples/single_modality/cell_type_annotation

# 运行示例
python scdeepsort.py --species mouse --tissue Brain --train_dataset 753 3285 --test_dataset 2695

3. 应用案例和最佳实践

案例1：单细胞数据补全

DANCE 提供了多种单细胞数据补全的方法，如 scGNN 和 GNNImpute。以下是一个使用 scGNN 进行数据补全的示例：

from dance.modules.single_modality.imputation.scgnn import ScGNN

# 初始化模型
model = ScGNN()

# 加载数据
data = model.load_data('path_to_data')

# 训练模型
model.train(data)

# 进行数据补全
imputed_data = model.impute(data)

案例2：细胞类型注释

使用 DANCE 中的 scDeepSort 进行细胞类型注释：

from dance.modules.single_modality.cell_type_annotation.scdeepsort import ScDeepSort

# 初始化模型
model = ScDeepSort()

# 加载数据
data = model.load_data('path_to_data')

# 训练模型
model.train(data)

# 进行细胞类型注释
annotations = model.annotate(data)

4. 典型生态项目

生态项目1：OmicsML

OmicsML 是一个专注于组学数据分析的社区和平台，DANCE 是 OmicsML 生态中的重要组成部分。OmicsML 提供了丰富的教程和资源，帮助用户更好地理解和使用 DANCE。

生态项目2：PyTorch Geometric

DANCE 依赖于 PyTorch Geometric 进行图神经网络的实现。PyTorch Geometric 是一个强大的图神经网络库，提供了丰富的图神经网络模型和工具。

生态项目3：DGL

DGL（Deep Graph Library）是另一个重要的图神经网络库，DANCE 也支持使用 DGL 进行图神经网络的实现。DGL 提供了高效的图神经网络计算框架，适用于大规模图数据的处理。

dance DANCE: A Deep Learning Library and Benchmark Platform for Single-Cell Analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/dan/dance