ChIP-seq 管道项目教程

ChIP-seq 管道项目教程

chip-seq-pipeline2ENCODE ChIP-seq pipeline项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ch/chip-seq-pipeline2

1. 项目的目录结构及介绍

chip-seq-pipeline2/
├── circleci/
├── docs/
├── example_input_json/
├── scripts/
├── src/
├── .dockerignore
├── .editorconfig
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── chip-croo-v5.json
└── chip.wdl

• circleci/: 包含CircleCI配置文件。
• docs/: 包含项目文档。
• example_input_json/: 包含示例输入JSON文件。
• scripts/: 包含各种脚本文件。
• src/: 包含源代码文件。
• .dockerignore: Docker忽略文件。
• .editorconfig: 编辑器配置文件。
• .gitignore: Git忽略文件。
• LICENSE: 项目许可证。
• README.md: 项目说明文档。
• chip-croo-v5.json: 配置文件。
• chip.wdl: 项目启动文件。

2. 项目的启动文件介绍

chip.wdl: 这是项目的启动文件，使用WDL（Workflow Description Language）编写，定义了整个工作流程的步骤和依赖关系。

3. 项目的配置文件介绍

chip-croo-v5.json: 这是一个配置文件，用于定义工作流程的参数和设置。它包含了各种实验的配置信息，如输入文件路径、输出文件路径、参数设置等。

以上是基于开源项目 https://github.com/ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline2.git 的教程内容。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。

chip-seq-pipeline2ENCODE ChIP-seq pipeline项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ch/chip-seq-pipeline2