SENPAI 分子动力学开源项目使用教程

SENPAI 分子动力学开源项目使用教程

SENPAIMolecular dynamics simulation software项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sen/SENPAI

1. 目录结构及介绍

SENPAI 分子动力学项目采用了清晰的目录结构来组织代码和资源。以下为主要的目录结构以及各部分简介：

• src: 包含核心源代码文件。这是项目的心脏，实现了分子动力学模拟的关键算法和功能。
• include: 存放头文件，这些文件定义了项目中使用的类、函数接口等。
• examples: 提供示例代码或脚本，帮助新用户快速上手，展示如何调用库功能进行简单的模拟任务。
• docs: 文档相关资料，可能包括API文档、设计文档或者此教程的最终PDF版本。
• tests: 单元测试和集成测试代码，确保软件的稳定性和可靠性。
• config: 配置文件模板或默认设置，用户可以根据实际需求调整。
• scripts: 启动脚本和其他辅助脚本，如数据预处理、后处理脚本等。

2. 项目的启动文件介绍

在 src 或 scripts 目录下，通常会有一个或多个启动脚本。例如，main.cpp 是一个典型的起点，它初始化应用，调用模拟循环，并处理输入输出。对于命令行界面的应用，启动文件可能包含解析命令行参数的逻辑，以便用户可以指定模拟参数、运行时长等。

示例启动命令

假设项目提供了一个可执行文件 senpai_simulator（编译后由 main.cpp 生成），启动命令可能是这样的：

./senpai_simulator --config config_example.yaml

这里，--config 参数后面跟着的是配置文件的路径，用于定制模拟设置。

3. 项目的配置文件介绍

配置文件通常位于 config 目录内，以.yaml或.ini等格式存在，比如 config_example.yaml。这个文件包含了模拟的重要参数，包括但不限于：

• 系统定义：如原子种类、初始坐标布局。
• 力场设定：键长、键角、二面角参数及非键相互作用参数。
• 模拟参数：温度、压力、时间步长、模拟总时间。
• 输出控制：频率和类型（轨迹文件、能量报告）。
• 算法选择：积分方法、温度控制机制（如Berendsen thermostat）。

示例配置片段：

system:
  atoms:
    - name: 'H'
      mass: 1.008
    - name: 'O'
      mass: 15.999
simulation:
  timestep: 0.002 # 时间步长，单位ps
  temperature: 300 # 模拟温度，单位K
  total_steps: 100000 # 总步数
output:
  trajectory_freq: 1000 # 每1000步输出一次轨迹

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以上就是SENPAI分子动力学开源项目的基本使用教程概览，具体操作步骤和详细参数解读请参考项目中的正式文档和示例代码。

SENPAIMolecular dynamics simulation software项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sen/SENPAI