DynaPhoPy项目使用教程

DynaPhoPy项目使用教程

DynaPhoPy Phonon anharmonicity analysis from molecular dynamics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/dy/DynaPhoPy

1. 项目目录结构及介绍

DynaPhoPy项目的目录结构如下：

• .github/：包含与GitHub Actions相关的配置文件。
• doc/：存放项目的文档资料。
• dynaphopy/：项目的核心代码目录，包含所有Python模块。
• examples/：包含示例输入文件和脚本，用于演示如何使用DynaPhoPy。
• scripts/：存放一些辅助脚本，用于特定的任务或数据处理。
• unittest/：包含单元测试文件，用于验证代码的正确性。
• .coveralls.yml：Coveralls服务的配置文件，用于代码覆盖率测试。
• .travis.yml：Travis CI服务的配置文件，用于自动化测试。
• LICENSE：项目的许可证文件，DynaPhoPy采用MIT许可证。
• README.md：项目的自述文件，包含项目的基本信息和安装使用说明。
• requirements.txt：项目依赖的Python包列表。
• setup.py：Python包的安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

DynaPhoPy没有特定的启动文件，它作为一个Python模块被使用。用户可以通过命令行接口或作为模块在Python脚本中导入并使用它。

命令行使用方法如下：

dynaphopy -h

此命令将显示帮助信息，介绍所有可用的选项。

启动DynaPhoPy的基本命令为：

dynaphopy input_file MD_file [Options]

其中input_file是用户提供的输入文件，MD_file是分子动力学模拟的输出文件，[Options]是可选参数。

3. 项目的配置文件介绍

DynaPhoPy的配置主要是通过命令行参数和输入文件进行的。输入文件是一个YAML格式的文件，用于指定计算所需的参数和设置。

输入文件的基本结构示例如下：

# 示例输入文件
material:
  name: Si
  formula: Si
  lattice常数:
    a: 5.43
    b: 5.43
    c: 5.43
  force_constants:
    cutoff: 5.0

calculation:
  temperature: 300
  n_points: 101
  delta: 0.02

在这个例子中，material部分定义了材料的名称、化学式和晶格常数，force_constants定义了力常数的截断半径。calculation部分指定了计算的温度、点的数量和频率的步长。

用户可以自定义输入文件，以满足不同的计算需求。详细的配置选项和参数说明可以在项目的在线手册中找到。

DynaPhoPy Phonon anharmonicity analysis from molecular dynamics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/dy/DynaPhoPy