Masurca 开源项目教程

Masurca 开源项目教程

masurca项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/masurca

1. 项目的目录结构及介绍

Masurca 项目的目录结构如下：

masurca/
├── bin/
│   ├── MaSuRCA
│   └── ...
├── config/
│   ├── config.txt
│   └── ...
├── scripts/
│   ├── generate_CA.sh
│   └── ...
├── src/
│   └── ...
├── README.md
└── ...

目录介绍

• bin/: 包含 Masurca 的可执行文件和其他辅助脚本。
• config/: 包含配置文件模板和示例。
• scripts/: 包含用于生成和运行 Masurca 的脚本。
• src/: 包含项目的源代码。
• README.md: 项目的主文档，包含基本介绍和使用说明。

2. 项目的启动文件介绍

Masurca 的启动文件位于 bin/ 目录下，主要文件是 MaSuRCA。

启动文件介绍

• MaSuRCA: 这是 Masurca 的主可执行文件，用于启动和运行基因组组装流程。

使用方法：

./bin/MaSuRCA -g config/config.txt

3. 项目的配置文件介绍

Masurca 的配置文件位于 config/ 目录下，主要文件是 config.txt。

配置文件介绍

• config.txt: 这是 Masurca 的主要配置文件，包含了所有运行参数的设置。

配置文件示例：

DATA
PE= pe_data 180 20

PARAMETERS
GRAPH_KMER_SIZE=auto
USE_LINKING_MATES=1
LIMIT_JUMP_COVERAGE=60
CA_PARAMETERS=
KMER_COUNT_THRESHOLD=1
CLOSE_GAPS=1
NUM_THREADS=32
JF_SIZE=200000000
DO_HOMOPOLYMER_TRIM=0

配置文件参数说明

• DATA: 定义数据集信息。
• PARAMETERS: 定义运行参数，如 k-mer 大小、线程数等。

通过修改 config.txt 文件，可以调整 Masurca 的运行参数以适应不同的数据集和需求。

masurca项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/masurca