Purge Dups 开源项目教程
1. 项目的目录结构及介绍
Purge Dups 是一个用于去除重复序列的工具,主要用于基因组组装和重测序数据处理。以下是其目录结构的详细介绍:
purge_dups/
├── bin/
│ ├── purge_dups
│ ├── get_seqs
│ ├── split_fa
│ ├── pbcstat
│ ├── calcuts
│ ├── histogram
│ ├── bam2cfg.sh
│ └── run_purge_dups.py
├── scripts/
│ ├── plot_purge_dups.R
│ └── other_scripts.sh
├── README.md
├── LICENSE
└── docs/
├── INSTALL.md
└── USAGE.md
bin/
:包含所有可执行文件和脚本。scripts/
:包含辅助脚本,如绘图脚本等。README.md
:项目的基本介绍和使用说明。LICENSE
:项目的开源许可证明。docs/
:包含安装和使用文档。
2. 项目的启动文件介绍
Purge Dups 的主要启动文件位于 bin/
目录下,以下是一些关键文件的介绍:
purge_dups
:主程序,用于去除重复序列。get_seqs
:用于提取序列的工具。split_fa
:用于分割 FASTA 文件。pbcstat
:用于计算覆盖度统计。calcuts
:用于计算阈值。histogram
:用于生成覆盖度直方图。bam2cfg.sh
:用于处理 BAM 文件的脚本。run_purge_dups.py
:用于自动化执行 purge_dups 流程的脚本。
3. 项目的配置文件介绍
Purge Dups 的配置主要通过命令行参数进行,没有传统的配置文件。用户可以通过命令行参数指定输入文件、输出文件、阈值等。以下是一个示例命令:
./bin/purge_dups -i input.fasta -o output.fasta -t 5
-i input.fasta
:指定输入的 FASTA 文件。-o output.fasta
:指定输出的 FASTA 文件。-t 5
:指定阈值为 5。
详细的参数说明可以在项目的 docs/USAGE.md
文件中找到。
以上是 Purge Dups 开源项目的详细教程,希望对您有所帮助。