LAMMPS 分步教程

LAMMPS 分步教程

lammpsPublic development project of the LAMMPS MD software package 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/la/lammps

1. 项目介绍

LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 是一款由美国能源部沙迪亚国家实验室开发的分子动力学模拟软件。它利用消息传递接口(MPI)进行并行通信，并遵循GNU General Public License的条款免费开放源代码。LAMMPS最初是在两个能源部实验室和三个私营部门实验室之间的合作研究与发展协议下开发的。目前，该软件由沙迪亚国家实验室的研究人员维护和分发。

2. 项目快速启动

要在本地环境中安装和运行LAMMPS，首先确保您有git和C++编译器。以下步骤将引导您完成获取源码、编译以及运行一个基本示例的过程：

安装依赖

在大多数Linux发行版中，您可以安装所需的库（如OpenMPI），通过执行：

sudo apt-get install libopenmpi-dev openmpi-bin

或者对于基于红帽的系统（如Fedora或CentOS）：

sudo yum install openmpi-devel openmpi

获取源码

克隆LAMMPS仓库：

git clone https://github.com/lammps/lammps.git
cd lammps

编译LAMMPS

make yes-all
make

运行示例

LAMMPS包含许多示例。下面是一个简单的两粒子碰撞的例子：

mpirun -np 2 ./lmp_mpi < examples/basic/run.txt

这将使用MPI启动两个进程，并运行run.txt中的指令。

3. 应用案例和最佳实践

LAMMPS广泛应用于各种领域，包括材料科学、生物学、化学和工程等。它可以模拟蛋白质折叠、纳米颗粒的团聚、金属塑性形变等。最佳实践通常涉及优化参数以获得准确且高效的模拟结果，例如调整时间步长、选择合适的力场模型和粒度分辨率。

4. 典型生态项目

LAMMPS与其他工具集成以扩展其功能：

• Kokkos: 用于实现高性能计算的库，可使LAMMPS在GPU上运行。
• MDAnalysis: 一个Python库，用于分析LAMMPS输出的数据。
• OCEAN: 提供量子力学计算与LAMMPS的接口，如量子力学势(QM potentials)。
• ReaxFF: 一种反应性力场，可用于模拟化学反应。

要了解更多信息和详细教程，可以访问LAMMPS的官方网站www.lammps.org，那里包含了丰富的文档、教程和示例。

lammpsPublic development project of the LAMMPS MD software package 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/la/lammps