GLUE 项目教程

GLUE 项目教程

GLUEGraph-linked unified embedding for single-cell multi-omics data integration项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/glue3/GLUE

1. 项目的目录结构及介绍

GLUE 项目的目录结构如下：

GLUE/
├── README.md
├── requirements.txt
├── setup.py
├── glue/
│   ├── __init__.py
│   ├── main.py
│   ├── config.py
│   ├── utils/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── helper.py
│   │   └── logger.py
│   └── data/
│       ├── __init__.py
│       ├── dataset1.csv
│       └── dataset2.json
└── tests/
    ├── __init__.py
    ├── test_main.py
    └── test_utils.py

目录结构介绍

• README.md: 项目的基本介绍和使用说明。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。
• setup.py: 项目的安装脚本。
• glue/: 项目的主要代码目录。
  • init.py: 使 glue 目录成为一个 Python 包。
  • main.py: 项目的启动文件。
  • config.py: 项目的配置文件。
  • utils/: 包含项目的辅助工具和函数。
    • helper.py: 提供一些通用的辅助函数。
    • logger.py: 日志记录工具。
  • data/: 包含项目使用的数据文件。
• tests/: 包含项目的测试代码。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 glue/main.py。该文件包含了项目的主要逻辑和入口函数。

主要功能

• 初始化配置: 从 config.py 中读取配置参数。
• 加载数据: 从 data/ 目录中加载数据集。
• 执行主逻辑: 根据配置和数据执行项目的主要功能。

使用方法

python glue/main.py

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是 glue/config.py。该文件包含了项目的所有配置参数。

配置参数

• DATA_DIR: 数据文件的存储路径。
• LOG_LEVEL: 日志记录的级别（如 DEBUG, INFO, WARNING, ERROR）。
• MAX_ITERATIONS: 最大迭代次数。
• OTHER_PARAMS: 其他自定义参数。

配置示例

# glue/config.py

DATA_DIR = 'glue/data/'
LOG_LEVEL = 'INFO'
MAX_ITERATIONS = 100
OTHER_PARAMS = {
    'param1': 'value1',
    'param2': 'value2'
}

通过修改 config.py 中的参数，可以灵活地调整项目的行为。

GLUEGraph-linked unified embedding for single-cell multi-omics data integration项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/glue3/GLUE