PhenoGraph 开源项目教程

PhenoGraph 开源项目教程

PhenoGraphSubpopulation detection in high-dimensional single-cell data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/PhenoGraph

1. 项目的目录结构及介绍

PhenoGraph 项目的目录结构如下：

PhenoGraph/
├── LICENSE
├── README.md
├── requirements.txt
├── setup.py
├── phenograph/
│   ├── __init__.py
│   ├── core.py
│   ├── community.py
│   ├── utils.py
│   └── tests/
│       ├── __init__.py
│       └── test_phenograph.py

目录结构介绍

• LICENSE: 项目的许可证文件。
• README.md: 项目的说明文档。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。
• setup.py: 项目的安装脚本。
• phenograph/: 项目的主要代码目录。
  • __init__.py: 初始化文件，使 phenograph 成为一个 Python 包。
  • core.py: 核心功能实现文件。
  • community.py: 社区检测功能实现文件。
  • utils.py: 工具函数文件。
  • tests/: 测试代码目录。
    • __init__.py: 初始化文件，使 tests 成为一个 Python 包。
    • test_phenograph.py: 测试用例文件。

2. 项目的启动文件介绍

PhenoGraph 项目的启动文件是 setup.py。该文件用于安装项目所需的依赖包，并将其作为一个 Python 包进行安装。

setup.py 文件介绍

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='PhenoGraph',
    version='1.5.7',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        'numpy>=1.14',
        'scipy>=1.0',
        'scikit-learn>=0.19',
        'networkx>=2.1'
    ],
    author='Jacob Levine',
    license='MIT',
    description='Graph-based clustering for high-dimensional single-cell data',
    long_description=open('README.md').read(),
    long_description_content_type='text/markdown'
)

启动文件使用方法

在终端中运行以下命令安装 PhenoGraph：

pip install .

3. 项目的配置文件介绍

PhenoGraph 项目没有明确的配置文件，但可以通过修改 setup.py 文件中的 install_requires 列表来调整项目的依赖包。

配置文件使用方法

如果需要添加或移除依赖包，可以直接编辑 setup.py 文件中的 install_requires 列表，然后重新运行安装命令：

pip install .

总结

本教程介绍了 PhenoGraph 项目的目录结构、启动文件和配置文件。通过了解这些内容，您可以更好地理解和使用 PhenoGraph 项目。

PhenoGraphSubpopulation detection in high-dimensional single-cell data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/PhenoGraph