医疗图像合成的MedFusion开源项目使用教程

医疗图像合成的MedFusion开源项目使用教程

medfusionImplementation of Medfusion - A latent diffusion model for medical image synthesis.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/me/medfusion

一、项目目录结构及介绍

MedFusion项目基于Git托管在GitHub上，其目录结构设计是为了便于医疗图像处理的研究与应用。以下是核心目录和文件的概览：

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├── mediamedia           # 可能包含项目相关的示例图片或结果展示
├── medical_diffusion    # 模型实现的核心代码，包括扩散模型相关逻辑
├── scripts              # 脚本集合，用于训练、采样、评估等任务
│   ├── evaluate_images.py  # 用于评估生成图像质量的脚本（如FID分数）
│   ├── sample.py          # 样本生成脚本，用于从模型中抽样测试图像
│   └── ...                # 其他特定任务脚本
├── streamlit             # 可能是用于创建交互式应用的Streamlit配置
├── tests                 # 单元测试相关文件
├── gitignore             # Git忽略文件配置
├── LICENSE               # 许可证文件，该项目采用MIT许可证
├── README.md             # 项目的主要说明文档，介绍项目用途和快速入门指南
├── requirements.txt      # 项目依赖库列表
└── setup.py              # Python项目的安装脚本

项目主要聚焦于通过latent diffusion model进行医学图像的合成，其中medical_diffusion目录和scripts下的多个脚本是核心操作所在。

二、项目的启动文件介绍

MedFusion项目没有明确标记出单一的“启动文件”，但有几个关键脚本用于不同的工作流程：

• scripts/sample.py: 是一个重要的启动点，当你希望从已经训练好的模型中抽样生成新的医学图像时。
• scripts/train_latent_embedder_2d.py 和 scripts/train_diffusion.py: 分别对应了自编码器和扩散模型的训练过程。如果你正准备开始训练自己的模型，这两个脚本将是你的起点。

启动项目的具体步骤通常涉及数据准备、环境设置以及选择相应的脚本执行任务。

三、项目的配置文件介绍

尽管提供的目录树并未直接指出单独的配置文件，但配置主要是通过脚本内的参数指定或是环境变量来完成。例如，在训练自编码器和扩散模型的脚本中，开发者需手动调整参数以适应不同需求，比如数据路径、模型类型、学习率等。虽然没有.yaml或其它标准配置文件格式直接提供，但以下实践常见：

• 环境配置：通过修改requirements.txt确保所有必要的Python包得到安装。
• 脚本内参数：大多数配置信息直接嵌入到如sample.py, train_diffusion.py等脚本中，通过函数参数或全局变量设定。
• 潜在的环境变量：有时候项目会利用环境变量来进行某些高级配置，这在项目的实际使用或部署时需要注意查看脚本注释或README.md文件中是否有提及。

要开始使用此项目，首先应阅读README.md文件，它提供了关于如何准备数据、训练模型和评价性能的基本指引，以及任何额外的配置细节。记得创建并激活虚拟环境，并根据requirements.txt文件安装所有必需的依赖。

medfusionImplementation of Medfusion - A latent diffusion model for medical image synthesis.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/me/medfusion