微软分子生成(Microsoft Molecule Generation)项目快速指南

微软分子生成(Microsoft Molecule Generation)项目快速指南

molecule-generation项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/molecule-generation

项目概述

微软分子生成项目是基于机器学习的分子设计工具，实现了一种名为MoLeR的模型，专注于在既有分子骨架上通过结构模式进行扩展生成。此项目旨在促进药物发现等领域的创新，利用先进的深度学习技术进行高效的分子结构生成。

目录结构及介绍

以下是microsoft/molecule-generation项目的典型目录结构及其简介：

molecule-generation/
│
├── README.md          - 项目介绍和快速入门指导。
├── CODE_OF_CONDUCT.md - 开源贡献的行为准则。
├──LICENSE             - 项目使用的MIT许可证说明。
├── security.md        - 安全相关的信息或指南。
├── environment.yml    - Conda环境配置文件，用于安装依赖。
├── molecule_generation - 核心代码库，包含模型训练与推理逻辑。
│   ├── __init__.py
│   ├── models         - 包含模型定义，如MoLeR和CGVAE结构。
│   ├── data           - 数据处理相关模块。
│   ├── trainer        - 训练器模块，管理模型训练流程。
│   ├── sampler        - 分子采样逻辑。
│   └── utils          - 辅助函数集合。
├── scripts            - 脚本集合，可能包括数据预处理、训练启动脚本等。
├── tests              - 单元测试和集成测试。
└── docs               - 文档资料，可能包含更详细的技术文档。

项目启动文件介绍

启动文件通常位于核心代码库的入口点或scripts目录中。以实际项目为例，可能有一个或多个脚本来帮助启动不同的任务，例如：

• train.py: 启动模型训练的主要脚本，用户需指定配置文件路径、选择模型类型并配置训练参数。

• sample.py: 用于从训练好的模型中采样新分子结构，需提供模型的检查点路径和采样数量。

启动过程中，开发者和研究人员一般会通过命令行参数或者配置文件来定制化他们的运行设置。

项目的配置文件介绍

配置文件（常见命名如config.yaml或特定于任务的配置文件）位于项目的核心目录或单独的配置文件夹内，它们是项目设置的关键，涵盖了以下方面：

• 模型参数：包括隐藏层大小、学习率、优化器的选择等。
• 数据路径：指定训练和验证数据集的位置。
• 训练设置：如批次大小、总迭代轮次、是否启用GPU加速等。
• 模型保存与加载路径：指明模型权重保存和读取的地址。
• 采样配置：当涉及到采样新分子时，可能包括初始化条件和采样策略。

配置文件遵循YAML或JSON格式，结构清晰，允许用户灵活调整实验参数而不直接修改代码。

示例配置片段:

model:
  type: MoLeR       # 使用的模型类型
  params: ...      # 模型特定参数
data:
  path: ./data     # 数据集路径
training:
  batch_size: 32   # 批次大小
  epochs: 100      # 训练轮次

使用前，确保已通过Conda创建了正确的环境，并安装所有必要的依赖，如tensorflow, rdkit等。遵循上述结构和步骤，可以顺利地启动和自定义项目中的各项任务。

molecule-generation项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/molecule-generation