REINVENT 4 开源项目使用教程

REINVENT 4 开源项目使用教程

REINVENT4AI molecular design tool for de novo design, scaffold hopping, R-group replacement, linker design and molecule optimization.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/re/REINVENT4

1. 项目的目录结构及介绍

REINVENT 4 项目的目录结构如下：

REINVENT4/
├── configs/
├── contrib/
├── notebooks/
├── priors/
├── reinvent/
├── reinvent_plugins/
├── support/
├── tests/
├── env/
├── github/
│   └── ISSUE_TEMPLATE/
├── AUTHORS.md
├── CHANGELOG.md
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── NEWS.md
├── README.md
├── pyproject.toml
└── pytest.ini

目录介绍：

• configs/: 存放项目的配置文件。
• contrib/: 存放贡献者的代码和工具。
• notebooks/: 存放 Jupyter Notebook 文件，用于交互式演示和实验。
• priors/: 存放先验知识相关的文件。
• reinvent/: 核心代码目录，包含分子设计的主要逻辑和算法。
• reinvent_plugins/: 存放插件相关的代码，用于扩展功能。
• support/: 存放支持文件和工具。
• tests/: 存放测试代码，用于确保项目的正确性。
• env/: 存放环境配置文件。
• github/ISSUE_TEMPLATE/: 存放 GitHub 问题模板。
• AUTHORS.md: 项目贡献者列表。
• CHANGELOG.md: 项目更新日志。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
• LICENSE: 项目许可证。
• NEWS.md: 项目新闻和更新信息。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• pyproject.toml: 项目配置文件，用于定义项目依赖和构建工具。
• pytest.ini: 测试配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

REINVENT 4 项目的启动文件主要位于 reinvent/ 目录下。核心启动文件包括：

• reinvent/main.py: 这是项目的入口文件，负责初始化项目并启动分子设计流程。
• reinvent/run.py: 运行脚本，用于执行具体的分子设计任务。

启动步骤：

1. 确保已安装所有依赖项。
2. 在终端中导航到项目根目录。
3. 运行 python reinvent/main.py 启动项目。

3. 项目的配置文件介绍

REINVENT 4 项目的配置文件主要位于 configs/ 目录下，使用 TOML 格式。配置文件用于定义项目的各种参数和设置。

配置文件示例：

[general]
output_path = "output"
log_level = "INFO"

[model]
agent_path = "path/to/agent.pkl"
prior_path = "path/to/prior.pkl"

[scoring]
score_components = ["component1", "component2"]

配置文件介绍：

• general: 通用设置，如输出路径和日志级别。
• model: 模型相关设置，如代理模型和先验模型的路径。
• scoring: 评分组件设置，定义用于分子设计的评分组件。

通过修改这些配置文件，用户可以自定义分子设计任务的行为和参数。

REINVENT4AI molecular design tool for de novo design, scaffold hopping, R-group replacement, linker design and molecule optimization.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/re/REINVENT4