MedQA 开源项目教程

MedQA 开源项目教程

MedQACode and data for MedQA项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/me/MedQA

1. 项目的目录结构及介绍

MedQA 项目的目录结构如下：

MedQA/
├── data/
│   ├── medqa_usmle/
│   │   ├── train.json
│   │   ├── dev.json
│   │   └── test.json
│   └── medqa_mimic/
│       ├── train.json
│       ├── dev.json
│       └── test.json
├── models/
│   ├── __init__.py
│   ├── medqa_model.py
│   └── utils.py
├── scripts/
│   ├── train.py
│   ├── evaluate.py
│   └── predict.py
├── config/
│   ├── default.yaml
│   └── custom.yaml
├── README.md
└── requirements.txt

目录结构介绍

• data/: 存放数据文件的目录，包括 medqa_usmle 和 medqa_mimic 两个子目录，每个子目录包含训练、验证和测试数据。
• models/: 存放模型定义和相关工具函数的目录。
  • medqa_model.py: 定义了 MedQA 模型的主要逻辑。
  • utils.py: 包含一些辅助函数。
• scripts/: 存放训练、评估和预测脚本的目录。
  • train.py: 用于训练模型的脚本。
  • evaluate.py: 用于评估模型性能的脚本。
  • predict.py: 用于进行预测的脚本。
• config/: 存放配置文件的目录。
  • default.yaml: 默认配置文件。
  • custom.yaml: 自定义配置文件。
• README.md: 项目说明文档。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 scripts/ 目录下的脚本文件：

• train.py: 用于启动模型训练的脚本。可以通过命令行参数指定配置文件和其他训练参数。
• evaluate.py: 用于启动模型评估的脚本。可以通过命令行参数指定配置文件和评估数据集。
• predict.py: 用于启动模型预测的脚本。可以通过命令行参数指定配置文件和输入数据。

使用示例

# 训练模型
python scripts/train.py --config config/default.yaml

# 评估模型
python scripts/evaluate.py --config config/default.yaml

# 进行预测
python scripts/predict.py --config config/default.yaml

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件存放在 config/ 目录下，主要包括 default.yaml 和 custom.yaml 两个文件。

default.yaml

default.yaml 是默认的配置文件，包含了模型训练、评估和预测所需的所有默认参数。

# 示例配置
model:
  name: "medqa_model"
  hidden_size: 768
  num_layers: 12
data:
  path: "data/medqa_usmle"
  batch_size: 32
training:
  epochs: 10
  learning_rate: 0.0001

custom.yaml

custom.yaml 是自定义的配置文件，用户可以根据需要修改其中的参数以适应不同的训练需求。

# 示例配置
model:
  name: "medqa_model"
  hidden_size: 1024
  num_layers: 24
data:
  path: "data/medqa_mimic"
  batch_size: 16
training:
  epochs: 20
  learning_rate: 0.00005

通过修改配置文件，用户可以灵活地调整模型的参数和数据路径，以满足不同的实验需求。

MedQACode and data for MedQA项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/me/MedQA