TaxonKit：高效实用的NCBI分类学工具包

TaxonKit：高效实用的NCBI分类学工具包

taxonkit A Practical and Efficient NCBI Taxonomy Toolkit, also supports creating NCBI-style taxdump files for custom taxonomies like GTDB/ICTV 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ta/taxonkit

项目基础介绍和主要编程语言

TaxonKit 是一个高效实用的 NCBI 分类学工具包，主要用于处理和分析生物分类数据。该项目由 Shen Wei 开发，主要使用 Go 语言编写。Go 语言的高效性和并发支持使得 TaxonKit 在处理大规模分类数据时表现出色。

项目核心功能

TaxonKit 提供了多种核心功能，包括：

1. 分类树查询：列出给定 TaxID 下的所有子分类树。
2. 分类线查询：查询给定 TaxID 的分类线。
3. 分类线格式化：将分类线格式化为标准格式。
4. 名称到 TaxID 转换：将分类名称转换为对应的 TaxID。
5. TaxID 过滤：根据分类等级范围过滤 TaxID。
6. 最低共同祖先计算：计算给定 TaxID 的最低共同祖先。
7. TaxID 变更日志：从数据包中创建 TaxID 变更日志。
8. 自定义分类数据包创建：支持创建自定义分类数据包，如 GTDB 和 ICTV。

项目最近更新的功能

TaxonKit 最近更新的功能包括：

1. CAMI 格式转换：将元基因组数据转换为 CAMI 格式。
2. CAMI 过滤：在 CAMI 元基因组数据中移除给定 TaxID 及其后代。
3. 自定义分类数据包创建：支持创建 GTDB 和 ICTV 的自定义分类数据包。

这些更新进一步增强了 TaxonKit 的功能性和实用性，使其在处理复杂分类数据时更加高效和灵活。

taxonkit A Practical and Efficient NCBI Taxonomy Toolkit, also supports creating NCBI-style taxdump files for custom taxonomies like GTDB/ICTV 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ta/taxonkit